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Axel POULET Nicolas PARISOT Ronan PEYROUTOU

Étude de la corrélation entre la densité de marquage des cibles et la puissance du scanner lors d’une expérience de puce à ADN. Axel POULET Nicolas PARISOT Ronan PEYROUTOU Sébastien MALICORNE. IUT de Clermont-Ferrand

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Presentation Transcript

  1. Étude de la corrélation entre la densité demarquage des cibles et la puissance duscanner lors d’une expérience de puce à ADN Axel POULET Nicolas PARISOT Ronan PEYROUTOU Sébastien MALICORNE IUT de Clermont-Ferrand Département Génie Biologique – Aurillac 2ème Année option BioInformatique

  2. Quelques Rappels… Les Puces à ADN • 1987 Apparition du concept • 1993 Fabrication de la 1ère biopuce • Sondes (oligonucléotides) fixées sur un support solide • Hybridation des cibles (ADNc) sur ces sondes IUT Génie Biologique

  3. Quelques Rappels… Les Puces à ADN IUT Génie Biologique (Source personnelle)

  4. Quelques Rappels… Le Scanner • Couplé à un photomultiplicateur (PMT) : • l’amplification des électrons • obtenir une meilleure résolution • Réglage du gain du PMT difficile IUT Génie Biologique

  5. Quelques Rappels… Les Fluorochromes • Deux propriétés capables de diminuer la précision des résultats : • Photobleaching (blanchiment) • Quenching Fluorescent (extinction) : IUT Génie Biologique Effet de quenching (MicroArray Handbook)

  6. Problématique Problématique SCAN EN COURS GAIN IUT Génie Biologique

  7. Problématique Problématique Existe-t-il un lien entre la densité de marquage des séquences cibles et le gain du PMT ? IUT Génie Biologique

  8. Matériels et Méthodes Données • Numérisation des biopuces • Identification des spots grâce à GenePix • Récupération des séquences sur la base de données du NCBI • Fichier des séquences révélées à des gains forts • Fichier des séquences révélées à des gains faibles IUT Génie Biologique

  9. Matériels et Méthodes Prétraitement des séquences • Exclusion de la queue polyadénylée • Association des numéros d’accession avec les séquences correspondantes • Regroupement des séquences en fonction de leur taille • Subdivision de chaque séquence en 10 sous séquences de même taille IUT Génie Biologique

  10. Matériels et Méthodes Premières approches • Calcul de la densité de marquage • Profil de cette densité • Composition IUT Génie Biologique

  11. Matériels et Méthodes Calcul de composition IUT Génie Biologique

  12. Résultats Résultats Résultats obtenus pour le GC% IUT Génie Biologique

  13. Résultats Significativité • Hypothèse Il y a une différence significative entre les moyennes de ces séquences • Test de Student IUT Génie Biologique

  14. Résultats Significativité Hypothèse Rejetée Hypothèse Validée IUT Génie Biologique Résultats du test de Student

  15. Discussion Discussion • Corrélation entre la composition de la séquence et le gain du PMT • Séquences révélées aux gains forts riches en Guanine et Cytosine • Établir un modèle prédictif afin de limiter la dégradation des fluorochromes IUT Génie Biologique

  16. Conclusion • Limites du modèle • Nombre maximal de sondes ? • Types de biopuces ? • Organismes ? IUT Génie Biologique

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