1 / 71

Biologia molekularna roślin

Biologia molekularna roślin. 2008/2009. Program. Podstawowe koncepcje i metodologia biologii molekularnej roślin. Rośliny modelowe. Genetyka klasyczna (forward genetics) i odwrotna genetyka ( reverse genetics ) w analizie funkcji genów u roślin – analiza na przykładach.

luella
Download Presentation

Biologia molekularna roślin

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Biologia molekularna roślin 2008/2009

  2. Program • Podstawowe koncepcje i metodologia biologii molekularnej roślin. • Rośliny modelowe. • Genetyka klasyczna (forward genetics) i odwrotna genetyka (reverse genetics) w analizie funkcji genów u roślin – analiza na przykładach. • Genomika roślin: kompletne sekwencja, struktura i ewolucja genomów roślinnych. • Współczesne metody po-genomiczne: transkryptomika (mikromacierze DNA), proteomika (analiza białek za pomocą spektrometrii mas), inne –omiki. • Transkrypcja genów jądrowych u roślin i jej regulacja: zjawisko RNAi (interferencja RNA), chromatyna i dziedziczenie epigenetyczne. • Organizacja i regulacja ekspresji genów organellarnych. • Stres, fitohormony i transdukcja sygnałów u roślin. • Genetyczna regulacja rozwoju embrionalnego i procesu kwitnienia. • Współczesna biotechnologia roślin a etyka.

  3. Wykład 1 • Podstawowe koncepcje i metodologia biologii molekularnej roślin

  4. Cykl życia

  5. Centralny dogmat biologii molekularnej- idea • DNA RNA BIAŁKO Transkrypcja Translacja Organizm

  6. Centralny dogmat-realizacja • W organizmach informacja przepływa od DNA (kwasów nukleinowych) do białek, nigdy odwrotnie.

  7. CD stwierdza, że informacja zawarta w genach (DNA) przyjmuje ostatecznie fizyczną postać fenotypu (białka). Organelle roślinne są zarówno pochodzenia eukarotycznego (jądro), jak i prokariotycznego (chloroplasty, mitochondria). Chloroplasty i mitochondria, podobnie jak DNA, zawierają DNA. Zasada CD jest realizowana we wszystkich organellach. Odwrotna transkrypcja nie występuje w chloroplastach i w mitochondriach. W mitochondriach roślinnych występuje edytowanie mRNA. Centralny Dogmat (CD) w komórce

  8. Elementy budowy DNA • Składniki DNA: • deoksyryboza (oznaczenie atomów C: 1’-5’); • fosforan (uczestniczy w wiązaniu: deoksy-5’-P-3’-deoksy); • zasada azotowa: A,T,G,C – dołączona do C-1’ deoksyrybozy.

  9. Schemat budowy nici DNA 5' 3’ • Łańcuch utrzymywany przez wiązania 3’-5’ fosfodiestrowe tworzy szkielet cząsteczki

  10. Polarność nici DNA • Na jednym końcu nici DNA występuje wolna grupa C3’-OH (3’ koniec) a na drugim – C5’-OH (5’ koniec).

  11. Zasada budowy DNA • DNA jest dwuniciowy; ten typ budowy cząsteczki umożliwia zjawisko komplementacji. • W dwuniciowym DNA naprzeciwległe (antyrównoległe) nici mają przeciwną polarność (3’-5’ vs. 5’-3’). • Cząsteczka jest stabilizowana przez wiązania wodorowe miedzy zasadami i wiązania hydrofobowe pomiędzy równolegle nad sobą ułożonymi płaszczyznami zasad (stacking).

  12. A-T

  13. G-C

  14. DNA: struktura formy B

  15. DNA: widok z góry

  16. Geometria DNA w formie B 1.9 nm

  17. Przyczyna różnic w wielkości rowków w DNA

  18. Rowki i ‘stacking’ (ułożenie warstwowe) zasad w DNA

  19. Ułożenie w sąsiadujących parach zasad

  20. Różne formy DNA

  21. DNA opisany przez W-C – w formie B. Obecnie wiadomo, że DNA może występować także w innych formach. Główna różnica między formami: kierunek skręcenia helisy A, B, C – helisa prawoskrętna Z – helisa lewoskrętna (występuje in vitro w wysokim stężeniu soli) W komórce – głównie forma B. Forma Z może istnieć w warunkach niskiego stężenia soli (w komórce), gdy w DNA występują naprzemienne ciągi puryn i pirymidyn, np. poli-GC lub poli- AT, lub 5-metylo-cytozyna. A 11.0 zasad/skręt śr. 23A B 10.0 zasad/skręt, śr. 19A C 9,3 zasad/skręt, śr 19A Z 12.0 zasad/skręt, śr. 18A Formy DNA - parametry

  22. DNA w formie B i DNA w formie Z

  23. Replikacja DNA • Reakcja: dATP, dCTP, dGTP, dTTP -> Polimer DNA + PPi (PPi + H20 -> hydroliza pirofosforanu napędza reakcję) Wymagane: Enzym – polimeraza DNA, matryca DNA, Mg++, primer

  24. Synteza DNA • Mechanizm: 3’-OH cząsteczki cukru atakuje 5’ fosforan w trifosfodeoksynuklozydzie. • Każdy kolejny nukleotyd dodawany jest do 3’ końca kwasu nukleinowego. • Reakcja związana jest z ukierunkowaną 5’->3’ aktywnością polimerazy DNA

  25. Kierunek syntezy nici DNA • Nić DNA rośnie zawsze w kierunku 5’ -> 3’.

  26. Enzymologia replikacji DNA - I • Większość danych o syntezie DNA z badania bakterii. • U bakterii dwie ważne polimerazy DNA: I i III. • DNA polimerazy wymagają „primera” w postaci fragmentu nici polinukleotydowej, nie potrafią tworzyć nici od „zera”. • W celu rozpoczęcia nici od „zera” polimeraza RNA (primaza) sytntetyzuje primer RNA (RNA polimeraza sama nie wymaga primera). W wypadku wydłużania nici DNA, istniejąca nić służy jako primer. • DNA polimerazy I i III mają aktywność 3’->5’ egzonukleazy (tj.w kierunku przeciwnym do kierunku polimeryzacji) zdolną do niszczenia nowo zsyntetyzowanej nici (tzw. ‘proofreading’) w celu naprawy błędnie włączonych nukleotydów. • Problemy w trakcie replikacji: gdzie zacząć (origin), rozwinięcie helisy i stabilizacja rozwinięcia (rep protein, helikaza II), wytworzenie primera, synteza DNA, uwolnienie nowych łańcuchów, topologia.

  27. Enzymologia replikacji DNA - II • Nić prowadząca – początek syntezy DNA, synteza bez problemów 5’->3’. U eukariontów: DNA polimeraza δ (delta) • Nić opóźniona – primaza wiąże się do sekwencji na nici opóźnionej, odsłoniętym przez białko rep, i syntetyzuje fragment RNA – primer dla nowej cząsteczki polimerazy DNA (u eukariontów Polimeraza ε (epsilon). Primaza przesuwa się wzdłuż nici opóźnionej i powtórnie zaczyna syntezę RNA. W rezultacie, nić składa się z serii krótkich fragmentów DNA, każdy z primerem RNA na 5’ końcu. Są to tzw. ‘fragmenty Okazaki’.

  28. Replikacja DNA • Replikacja nici prowadzącej i nici opóźnionej przebiega niejednakowo. delta epsilon AT-bogata sekwencja ‘origin’

  29. Telomeraza: replikacja końców cząsteczek DNA • Problem: na końcu nici opóźnionej nie ma miejsca na syntezę primera RNA • Rozwiązanie: wydłużyć nić opóźniną

  30. Efekt telomerazy

  31. Mechanizm działania telomerazy

  32. Informacja w DNA

  33. Replikacja i mutacje • Mutacje są utrwalane w trakcie replikacji

  34. Chromosomy

  35. Chromosomy Arabidopsis thaliana -wygląd w komórce

  36. Chromosomy Arabidopsis thalianaschemat organizacji

  37. Hierarchiczna organizacja chromosomów

  38. Schemat nukleosomu

  39. Chromatyna – względne upakowanie DNA

  40. Zasada sekwencjonowania

  41. Wydruk z sekwenatora

  42. Reakcja PCR

  43. PCR i sekwencjonowanie

  44. Geny w chromosomach

  45. Sekwencjonowanie chromosomu

  46. Mapa genowa fragmentu chromosomu Arabidopsis

  47. Transkrypcja i translacja

  48. Rodzaje RNA - I • tRNA – [Przenośnikowy, transportujący], mały (65-110 nukleotydów), przenosi aktywowane aminokwasy do rybosomu, długożyjący (stabilny). • rRNA – [Rybosomowy], tworzy (wraz z białkami) rybosomy. Jeden z rRNA jest katalizatorem tworzenia wiązania peptydowego (rybozymem). Różne rodzaje i wielkość (4700 – 120 zasad). rRNA eukariontów i prokariontów zasadniczo się różnią. Długożyjący (stabilny) • mRNA –[Matrycowy, Informacyjny], nośnik przepisanej z DNA informacji o sekwencji aminokwasów w białku. Ma cechy umożliwiające przyłączanie się do rybosomów i udział w syntezie białka. Wielkość zależna od wielkości kodowanego polipeptytdu. Zróżnicowana trwałość, raczej mało stabilny.

  49. Rodzaje RNA - II • Niekodujace RNA (ncRNA) – nie zaangażowane bezpośrednio w syntezę białka. Biorą udział w wielu innych procesach komórkowych, jak: regulacja transkrypcji, replikacji DNA, obróbki i modyfikacji innych cząsteczek RNA (transkryptów). • Długość od 21 do > 10 000 nukleotydów, w zależności od rodzaju i funkcji • Przykłady: XIST RNA – inaktywuje jeden z dwóch chromosomów X u samic; snRNA – obróbka dużych prekursorów RNA w jądrze; snoRNA – udział w tworzeniu rybosomów i telomerów; miRNA – udział w regulacji ekspresji mRNA; siRNA – małe RNA, wiążą się do komplementarnych sekwencji RNA znacząc je w ten sposób dla systemu niszczącego (endonukleazy RNA).

  50. tRNA-Phe z drożdży

More Related