1 / 9

如何使用 Gene Ontology

如何使用 Gene Ontology. 網址 :http://www.geneontology.org/. 在首頁的 GO website 底下的 ontology files 點進去. 在 GO format 底下四個資料夾 function 、 process 、 comnpent 、 defs 按右鍵另存新檔下載. 二、下載 GO 對應的 Swiss-Prot. 在首頁的 GO website 底下的 annotations 點進去. 找到 Homo sapiens GO Annotations. 按右鍵另存新檔下載. 以下是程式使用說明

afric
Download Presentation

如何使用 Gene Ontology

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. 如何使用Gene Ontology 網址:http://www.geneontology.org/

  2. 在首頁的GO website 底下的ontology files 點進去

  3. 在GOformat 底下四個資料夾 function 、process、comnpent、defs 按右鍵另存新檔下載

  4. 二、下載GO 對應的Swiss-Prot

  5. 在首頁的GO website 底下的annotations點進去

  6. 找到Homo sapiens GO Annotations 按右鍵另存新檔下載

  7. 以下是程式使用說明 依照step逐一執行 紅色 表示功能及目的 棕色 表示要執行的程式檔 藍色 表示是輸入的程式檔 藍色 表示是輸出的程式檔

  8. 程式使用順序 GO_格式化 Step1:run GO的格式化.cpp(把<字元取代成%字元) Input file: 下載下來的process.ontology.txt檔 output file:定為000 Step2runGO_id 中的go.cpp(擷取2個欄位) Input file: 下載下來的gene_association.goa_human output file: 定為001 Step3:run 刪除多餘的GO.cpp(刪除兩列或多列相同的字串) Input file: 上步驟的001 output file: 定為002

  9. Step4:run GO_term中的GOid的F&P&C的term.cpp (擷取出term關鍵字和goid關鍵字 ) • Input file: 下載下來的component.ontology.txt 裡面的GOID先截取出來，再加上下載下來的GO.defs檔 output file: 定為003 • Step5:run GO_statement中的: GO的功能.cpp (印出Swissprot 和GO的id關鍵字以及%開頭的字串) • Input file:用step3的002以及下載下來的function.ontology • output file: 定為004

More Related