A propos de PubMed

1. A propos de PubMed http://www.pubmed.gov principal accès gratuit à Medline • Medline Medical Literature Analysis and Retrieval System Online U.S. National Library of Medicine base de données bibliographiques • Contenu de Medline (source) biomédecine et santé, De 1966 à aujourd’hui + de 4800 journaux scientifiques indexés + de 18 millions de références 9 articles sur 10 sont publiés en anglais 7 références sur 10 ont des résumés 500 000 nouvelles références par an Descriptions en langage contrôlé

2. A propos de PubMed Medline a 35 ans, mais le premier Index Medicus date de 1879. 1964 : MEDLARS“Medical Literature Analysis and Retrieval System” 1971 : Première consultation à distance Medlars devient Medline Années 80 : distributions sur CD-ROM de MEDLINE par des tiers comme OVID 96-97: MEDLINE accessible publiquement et gratuitement sur le WWW. PubMed “Public access to the Medical Literature Analysis and Retrieval System On-Line” 2004 : Arrêt de l’Index Medicus en format papier Plus aucune référence n’est saisie à la main. (OCR + XML)

3. A propos de PubMed PubMed est l’une des BDD développée par le « National Center for Biotechnology Information » NCBI PubMed propose : - Les articles trop récents pour être indexés dans Medline "PubMed - as supplied by publisher", "PubMed - in process" - Les articles anciens non indexés OLDMEDLINE (1950-1965) et autres - Des liens vers les articles sur les sites d’éditeurs - Des liens vers les autres bases de données NCBI en biologie moléculaire et génétique notamment

4. A propos de PubMed Source Lien vers l’éditeur Titre Auteurs et affiliations Résumé Type de publication Descripteurs * pondération Identifiant unique Statut d’indexation

5. Recherche ATM Comment fonctionne PubMed Les termes de recherche signifiants sont comparés à plusieurs index dans cet ordre. Les Termes MeSH (medical subject headings) Les noms de périodiques Les noms d’auteurs La requête est interprétée pour retrouvée un maximum de descripteurs MeSH. « Automatic Term Mapping Process » L’ensemble des résultats est retourné.

6. Recherche ATM Exemples : • Angina pain => "angina pectoris"[MeSH Terms] OR ("angina"[All Fields] AND "pectoris"[All Fields]) OR "angina pectoris"[All Fields] OR ("angina"[All Fields] AND "pain"[All Fields]) OR "angina pain"[All Fields]  Si la requête dans son ensemble ne correspond pas à un descripteur MeSH, elle est subdivisée. • Pressure point => ("pressure"[MeSH Terms] OR "pressure"[All Fields]) AND point[All Fields]

7. Recherche Quand un terme MeSH est trouvé, PubMed recherche automatiquement, toutes les références associées à ce terme ainsi qu’à tous les termes spécifiques. C’est l’explosion.

8. Recherche - La Troncature s’effectue avec * Ex. Nurs* = Nurse, nurses, nursing etc. Seuls 600 variations sont effectuées. - La recherche d’expression s’effectue avec les guillemets " "  Ex. Interprétation de PubMed : "pressure point"[All Fields] Attention ces deux opérations empêchent l’« Automatic Term Mapping Process »

9. Recherche - Les mots vides (Stopwords) Un certain nombre de termes peu signifiants sont ignorés. about, during, with etc. - Les opérateurs booléens AND = références contenant l’ensemble des termes OR = références contenant au moins 1 des termes NOT = références contenant ce terme sont exclues Si on utilise plusieurs opérateurs différents, il faut utiliser des parenthèses.

10. L’écran des résultats Nombre Navigation - Les résultats Pas de résumé Résumé seul Accès gratuit au texte intégral Revue de littérature : « Analyse découlant de l'examen de l'ensemble de la documentation touchant un sujet ou un domaine particulier. »

11. L’écran des résultats - Les options d’affichage Formats « Citation » affichage des termes MeSH « Medline » et « XML » lisibles par les ordinateurs « Medline » affichage du titre original « Transliterated Title » Format des références Nombre de résultats par page Tri par date, auteur ou périodique

12. L’écran des résultats - Exports des notices « Text » et « file » aucun formatage « Printer » pour l’impression « clipboard » sélection temporaire (panier) « E-mail » envoi par E-mail « RSS feed »nécessite Firefox ou un agrégateur « Order » service US uniquement

13. Fonctionnalités : limitations Attention, les limitations restent posées d’une recherche sur l’autre. Une case « limits » est cochée, les limitations apparaissent surlignées en jaune.

14. Fonctionnalités : limitations - Recherche par noms d’auteurs et de périodiques Des listes déroulantes s’affichent. On peut ajouter plusieurs noms et utiliser AND ou OR. Il est préférable d’utiliser l’initiale du prénom pour limiter les homonymes.

15. Fonctionnalités : limitations - Texte intégral, texte intégral gratuit, résumé L’accès gratuit reste minoritaire (et la France est sous la moyenne*). - Date Pré-sélections ou choix d’une période

16. Fonctionnalités : limitations - Autres limitations Ces sous-ensembles sont basés sur des sélections de titres Langues Types de publications

17. Fonctionnalités : limitations - Autres limitations Notamment : le titre, le titre original et les mots clés majeurs

18. Fonctionnalités : historique Les 100 dernières requêtes effectuées sont conservées. L’historique est vidée au bout de 8 heures d’inactivité. Les requêtes peuvent être combinées. « Preview » permet de visualiser le nombre de résultats

19. La recherche avancée L’historique et les limitations sont également réunis dans la recherche avancée.

20. Fonctionnalités : le panier Le « clipboard » conserve une sélection temporaire de références. 500 références sont conservées. Le panier est vidé au bout de 8 heures d’inactivité. L’astérisque indique la présence de références dans le panier. Pour effacer une référence « send to » puis « clip remove ».

21. Fonctionnalités : détails L’onglet « Details » permet d’obtenir l’interprétation des requêtes par PubMed. Le bouton URL permet de sauvegarder une recherche (signets). Les codes des différents champs

22. Fonctionnalités : articles apparentés La fonction « Related articles » permet d’obtenir une sélection d’articles similaires. Cette sélection s’effectue par comparaison des mots du titre, du résumé et des termes MeSH. Le tri des résultats est effectué par pertinence et non par date.

23. Exercices pratiques - Combien d'articles sur l'hépatite C depuis le début de l'année ? Combien en français ? Combien en accès libre et gratuit ? - Quels sont les derniers articles du Pr. Luc Montagnier ? - Quels sont les derniers articles du JAMA ? - Le Pr. Montagnier a-t-il publié dans JAMA ? Si oui, ajouter les références au panier, puis copier les dans un document Word.

24. Services : My NCBI Inscription directe et gratuite.

25. Services : My NCBI Sauvegarde des recherches Alertes par e-mail Intitulé Fréquence Format

26. Services : My NCBI Filters Pour personnaliser l’interface De nouveaux onglets peuvent être ajoutés. Parmi les options de nombreux catalogues de bibliothèques.

27. Services : My NCBI My NCBI collections Permet de conserver des sélections d’articles indéfiniment à partir d’une sélection temporaire (clipboard). Maximun : 100 collections de 1500 références. Vous pourrez retrouver et gérer vos collections depuis l’écran My NCBI Depuis le clipboard, choisir Send to : My NCBI collections

28. Services : MeSH Database Recherche des termes MeSH à partir des termes ou des synonymes exacts. Sont proposés : définitions, hiérarchie(s), liens connexes. Possibilité de combiner les termes. Contrôle de la pondération et de l’explosion.

29. Services : Single Citation Matcher Pour retrouver une référence à partir d’informations incomplètes. Il s’agit d’une présentation des « Limits » adaptée à la recherche à partir d’informations bibliographiques.

30. Services : Journals database La base de données des périodiques qui alimentent PubMed (et les autres BDD de NCBI). Pour chaque périodique on trouve des liens vers PubMed.

31. Exercices pratiques - Combien d’articles ont pour sujet majeur le traitement médicamenteux de l’asthme depuis le début de l’année ? - « Le concours médical » est-il indexé dans Medline ? - Comment être alerter du dernier sommaire de « La revue du praticien » ? - Faites apparaître les onglets « French » et « Free Full text » sur votre écran de résultats.

32. Sources et liens http://www.pubmed.gov/ http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ http://nnlm.gov/training/work/ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed http://doccismef.chu-rouen.fr/servlets/Simple?Mot=pubmed http://www.bium.ch/wiki/doku.php?id=wiki:medline_et_pubmed Ce support de cours :http://www.chu-rouen.fr/documed/pubmedadbs.ppt Gaetan.Kerdelhue@chu-rouen.frNovembre 2008

33. En savoir plus : Le MeSH Medical Subject Headings - Plus de 20 000 descripteurs - 11 niveaux hiérarchiques - Utilisation de mots outils : Les qualificatifs (« qualifiers ») - Arborescences complexes1 terme => plusieurs arborescencesnombreuses relations connexes - Pondération (« MeSH Major Topic »)on distingue les thèmes majeurs d’un article (marqués *) - « Check tags » tranches d’âge etc.

34. En savoir plus : Le MeSH [A] - Anatomie [B] - Organismes (animaux, plantes, bactéries...) [C] - Maladies [D] - Produits chimiques, biologiques et pharmaceutiques [E] - Équipements et techniques analytiques, diagnostiques et thérapeutiques [F] - Psychiatrie et psychologie [G] - Sciences biologiques [H] - Sciences physiques [I] - Anthropologie [J] - Technologie aliments et boissons [K] - Arts et sciences humaines [L] - Sciences information [M] - Individus [N] - Santé (administration des soins) [Z] - Emplacements géographiques - Relations hiérarchiques dans une même branche - Relations connexes  (voir aussi) entres les branchesde l’organe vers ses maladies, du virus vers la maladie, de la substance vers l’action pharmacologique

35. Explosion En savoir plus : Le MeSH Vocabulaire contrôlé Oncogens Tumor Initiators Carcinogens Tumor Promoters • Les mots clés sont hiérarchisés,des termes généraux vers les termes spécifiques • Respiratory Tract Diseases • Lung Diseases • Pneumonia • Pneumonia, Bacterial • Pneumonia, Viral • Etc. Ces opérations sont incompatibles avec la troncature !

36. /TH /DT /CO /EP /AE /AD /CT En savoir plus : Le MeSH • Utiliser les qualificatifs En anglais « qualifier » ou « subheading » Le sens de chaque mot clé peut être précisé par un qualificatif. Traitement et diagnostic de l’asthme s’écrivent : asthma/therapy asthma/diagnosis • Qualificatifs usuels • Pour une maladie : Pour une substance : • /therapy /adverse effects • /drug therapy /administration & dosage • /complications /contraindications • /epidemiology

37. En savoir plus : Le MeSH MeSH browserhttp://www.nlm.nih.gov/mesh/ MeSH databasehttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh Traduction française du MeSH http://ist.inserm.fr/basismesh/mesh.html Tous savoir sur le MeSH http://ist.inserm.fr/basismesh/Tout_savoir_sur_le_MeSH2005.pdf L’outil terminologie de CISMeF http://www.chu-rouen.fr/terminologiecismef/