Proseminar Recherche in molekularbiologischen Datenbanken für Bioinformatiker

1. ProseminarRecherche in molekularbiologischen Datenbankenfür Bioinformatiker Lehrstuhl für Bioinformatik, Biologisch-Pharmazeutische Fakultät Friedrich-Schiller-Universität Jena http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/

2. Gliederung des Proseminars • 30minütiger Vortrag zur jeweiligen Datenbank, gehalten von Studenten + • praktische Übungen zu den jeweiligen Datenbanken anhand von Übungsaufgaben

3. Vortrag • Folien + 1-2 seitige Zusammenfassung • Artikel dienen als Grundlage des Vortrages • Beschäftigung mit der Datenbank für die Vorbereitung des Vortrages jedoch notwendig http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminar.html

4. Ausgewählte Datenbanken • GenBank, Entrez (und BLAST) • Ensembl • PROSITE • ExPASy • PDB • BRENDA • KEGG • BioCyc

5. Betreuer Luis Figueiredo Email: Telefon: +49 3641 949583 Raum: 3429 Prof. Dr. Stefan Schuster Email: Telefon: +49 3641 949580 Raum: 3403 Jörn Behre Email: Telefon: +49 3641 949584 Raum: 3424 Anja Schröter Email: Telefon: +49 3641 949583 Raum: 3429 Dr. Ina Weiß Email: inaweiss@minet.uni-jena.de Telefon: +49 3641 949020 Raum: 3402 http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/

6. Ausgewählte Datenbanken • GenBank, Entrez (und BLAST) • Ensembl • PROSITE • ExPASy • PDB • BRENDA • KEGG • BioCyc

7. GenBank, Entrez (und BLAST) • GenBank ist eine umfangreiche Datenbank für Nukleotidsequenzen • Die Daten von GenBank sind über das System Entrez erhältlich, welches insgesamt 35 biol. Datenbanken umfaßt • BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ermöglicht das Auffinden von ähnlichen Sequenzen in GenBank und anderen Datenbanken

8. Ensembl • Umfassendes Genom-Informationssystem • Fokus liegt auf Genom-Annotation und Vergleich des Genoms von Chordatieren, mit Schwerpunkt auf Wirbeltieren

9. PROSITE • Datenbank von Protein-Domänen, -Familien und funktionellen Bereichen von Proteinen

10. ExPASy • Expert Protein Analysis System • Zugang zu vielfältigen Datenbanken (u.a. PROSITE, SWISS-PROT, ENZYME) und Analysetools für Proteine und Proteomik

11. PDB • Protein Data Bank • Zentrales weltweites Verzeichnis dreidimensionaler Strukturdaten von biologischen Makromolekülen

12. BRENDA • BRaunschweig ENzyme DAtabase • Größtes öffentlich verfügbares Enzym-Informationssystem weltweit

13. KEGG • Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes • Database of biological systems that integrates genomic, chemical and systemic functional information

14. BioCyc • BioCyc is a collection of more than 350 organism-specific Pathway / Genome Databases (PGDBs) • Each BioCyc PGDB contains the predicted metabolic network of one organism, including metabolic pathways, enzymes, metabolites and reactions

15. Wichtige Hinweise zu den Vorträgen • Die Vortragenden vereinbaren bitte spätestens! 3 Tage vorher eine Konsultation mit dem Verantwortlichen des jeweiligen Proseminars. • Die Zusammenfassung und den Vortrag bitte bis spätestens 12 Uhr am Tag vor dem Vortragstermin als Datei an Ina Weiß (inaweiss@minet.uni-jena.de) schicken. Die Zusammenfassung wird dann durch den Lehrstuhl an alle Teilnehmer des Proseminars ausgegeben. http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminarbc.html

16. Ablaufplan

17. Webseite • geschützter Zugang zu Dateien http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminar.html