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PubMed 数据库检索

PubMed 数据库检索. 图书馆文献检索教研室 李姝娟 馆 员 2007-10. 一、 PubMed 简介. PubMed 是由美国国家医学图书馆 (NLM) 的国家生物技术信息中心（ NCBI ）开发的基于 Web 的检索系统，通过 NCBI 平台提供基于 Web 的免费 MEDLINE 数据库检索服务，并提供部分免费的全文链接服务，此外还可以访问 NCBI 维护的完整的分子生物学数据库 ． 1999 年 8 月 PubMed 加入 NCBI 开发的 Entrez 通用浏览器，更换了检索界面。.

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Presentation Transcript

  1. PubMed数据库检索 图书馆文献检索教研室 李姝娟 馆 员 2007-10

  2. 一、PubMed简介 PubMed是由美国国家医学图书馆(NLM)的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的基于Web的检索系统，通过NCBI平台提供基于Web的免费MEDLINE数据库检索服务，并提供部分免费的全文链接服务，此外还可以访问NCBI维护的完整的分子生物学数据库．1999年8月PubMed加入NCBI开发的Entrez通用浏览器，更换了检索界面。

  3. PubMed具有医学文献期刊收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。PubMed具有医学文献期刊收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。 • 非常重要的一点，正如它的名字（PubMed＝Public+Medicine）所暗示的, PubMed是免费向公众开放的。 • PubMed的网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 就可以立刻进入PubMed的界面。

  4. 二、通过PubMed可检索到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录

  5. MEDLINE MEDLINE：是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数据库，收录1966年以来70多个国家近4300种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有[PubMed--Indexed for MEDLINE]标志。

  6. PreMedline：收集未正式给予MeSH词、出版类型等深度标引信息的一个临时库。NLM每天把最新记录加入到PreMedline库中，每条记录均带有[PubMed--in Process]标志。工作人员在一周内将这些记录标引，然后转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。

  7. PubMed New Data Collect Pre-Medline Medline Process PubMed

  8. 出版商提供的书目信息：出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存，在记录中做[PubMed--as supplied by publisher]的标记。

  9. 图1 以下是几条PubMed的记录，标记不同，其出自的分库也不同

  10. 三、PubMed页面的结构 登录 PubMed主页 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?DB=pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/

  11. PubMed页面的结构 检索提问区相关数据库链接、检索提问框、辅助检索工具 辅助功能区 检索提示区对各项检索功能的简单描述 Entrez简介、 PubMed服务、特有检索、相关资源

  12. NCBI数据库 Nucleotide：DNA序列数据库 Protein：蛋白质序列数据库 Genome：基因组序列数据库 Structure：分子结构模型数据库 OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。

  13. PubMed辅助检索工具 Limits （限制功能） Preview/Index（预览/索引） History（检索史） Clipboard（剪贴板或文件夹） Details（明细栏）

  14. 服务功能 • PubMed Services : • Journal Database-杂志数据库 • MeSH Database-主题词数据库 • Citation Matcher-引文匹配器 在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。 • Clinical Queries-与临床相关的疗法，诊断，病因，预后 • Related Resources : • Order Documents-购买原文 • Clinical Alerts-公布NIH资助重要临床研究结果 • Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息 • PubMed Central-免费提供全文生命/物科学文献

  15. 四、PubMed的基本检索功能 词语检索及自动词语匹配 作者姓名检索 杂志名称检索 截词检索 短语检索 逻辑运算符检索

  16. 四、PubMed的基本检索功能（一） 词语检索及自动词语匹配 • 在检索框中键入一到多个检索词，按“GO”键，即显示检索结果。 “clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。

  17. 四、PubMed的基本检索功能（二） 自动词语匹配 • PubMed能自动利用它的“自动词语匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成规范的用词。 如：输入vitamin c common cold，系统会将自动转换成(“ascorbic acid”[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]) AND (“common cold”[MeSH Terms] OR common cold [Text Word])进行检索。这种处理能使检索结果更精确和全面。

  18. 四、PubMed的基本检索功能（三） 作者姓名检索 在检索框内按照姓+名缩写(不用标点)的格式键入作者姓名，如Smith ja，系统会自动在作者字段内进行检索。 如果想进行更精确的检索，可以用双引号将作者名引起来，再加[au]，如“smith j”[au]

  19. 四、PubMed的基本检索功能（四） 杂志名检索 • 在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cell • 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写形式，如：mol boil cell • 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）进行检索，如1059-1524 • 例：Cell transplantation [ta]

  20. 四、PubMed的基本检索功能（五） 截词检索 • 可利用系统的截词功能获取更多的相关文献，这与Medline光盘中截词检索的用法是相同的：截词符“*”可代表多个字符，将*加在检索词后可以表示对所有以该词开头的词进行检索；如：bacter*，可以检出bacter, bacteria, bacterium, bacteriophage等词。 • PubMed一次最多可以检索出150个词形变异词。如staph*，可以产生150个起作用，可以采取加长词根的方法进行检索。

  21. 四、PubMed的基本检索功能（六） 短语检索 • PubMed首先将键入的检索词（词组）视为合理的短语在短语索引中进行查找。如：poison ivy，PubMed将其视为词组进行查找。当PubMed没有找到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索； • 如果不希望系统将两词分开，则需要用“”把检索词括起来，即强迫PubMed进行词组检索。如“single cell”。 • 当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词语匹配功能。

  22. 四、PubMed的基本检索功能（七） 逻辑运算符检索 • 在检索框中输入逻辑运算符，执行顺序从左向右，可用括号来改变此顺序。 • 如：lung cancer AND smok* #1 OR #2 (#1 OR #2) AND #3

  23. 五、 PubMed辅助检索工具（一） 1. Limits（限制功能）:对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。

  24. limited Publication Types（出版物类型选择）：有8种类型 Languages（语种选择）：提供常用的7种语种 Gender（性别选择）：男性、女性 Human or Animal（人或动物实验选择） Subsets（子集）：8个子集 Dates（日期）

  25. 五、 PubMed辅助检索工具（二） 2. Preview/Index： Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数和最近三次检索式，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。 Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的索引词表的位置和数量（括弧内），可用流动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。

  26. preview1 检索Common Cold AND Vitamin C

  27. 五、 PubMed辅助检索工具（三） 3. History: 保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，History才能有记录。 显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。 可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如#2 AND #6 单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。 点击Clear History按键可以清除History和Preiew/Index中的信息。 最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为1小时。

  28. 五、 PubMed辅助检索工具（四） 4. Clipboard：剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为500条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。 将文献添加到Clipboard 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，再点Add Clip。被添加到Clipboard中的记录，检索记录的数字将变成绿色。

  29. 五、 PubMed辅助检索工具（五） 5.Details：了解PubMed通过自动词语匹配功能、句法规则转换出的实际检索策略和调整、保存检索策略。在检索框下面，显示出检索结果的总数。可以在检索框中修改检索策略，再点击Search按键重新执行检索。点URL按钮，检索策略将显示在URL框中，再用浏览器的书签收藏功能保存该策略。

  30. 六、特别检索服务 Journal Datebase：期刊数据库 MeSH Datebase ： 主题词数据库 Citation Matcher：单篇/多篇 引文匹配器 Clinical Queries： 临床咨询

  31. 1. Journal Datebase ：期刊数据库 查找指定期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；若点击超链 journals with links to full-text web sites，可获取与PubMed链接提供全文的期刊名单。

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