1 / 26

Beta struktūras

Beta struktūras. Daudz mucu. Funkcionāli, ļoti dažādi proteīni (anti vielas , enz īmi , transportprote īni, utt ) Otra lielākā proteīnu domēnu grupa (pēc a/b ). Kopīgās īpašības. Veidoti no 4 līdz 10+ b virknēm b virknes pārsvarā ir novietotas antiparalēli (izņemot beta spirāli)

keegan
Download Presentation

Beta struktūras

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Beta struktūras Daudz mucu...

  2. Funkcionāli, ļoti dažādi proteīni (antivielas,enzīmi, transportproteīni, utt) • Otra lielākā proteīnu domēnu grupa (pēc a/b)

  3. Kopīgās īpašības • Veidoti no 4 līdz 10+ b virknēm • b virknes pārsvarā ir novietotas antiparalēli (izņemot beta spirāli) • Parasti sastāv no 2 beta plāksnēm, kuras ir novietotas viena pret otru, veidojot b-mucu vai “saspiestu” b-mucu (“sendviču”) • Cilpu vietā var būt a-spirāles

  4. Augšup-lejup mucas • Visvienkāršākā topoloģija Topoloģija – veids, kā blakus esoši otrējās struktūras elementi ir viens ar otru savienoti:

  5. Augšup-lejup mucas piemērs: retinola piesaistīšanas proteīns (RBP)

  6. RBP retinola piesaistīšanās centrs • Hidrofobā daļa piesaistās hidrofobā kabatā • Hidroksilgrupa ir eksponēta pret solventu OH

  7. Oscilējoša struktūra RBP aminoskābju sekvencē • Katra otrā aminoskābe ir hidrofoba • Hidrofobās aminoskābes ir novietotas pret kodolu • Polārās, lādētās un dažas nelielas hidrobobas aminoskābes ir eksponētas uz virsmas

  8. Augšup-lejup mucas var saturēt vairāk kā 8 b-virknes • Membrānu proteīna porīna monomērs no Rhodobacter satur 14 b virknes

  9. g-kristalīns • Atrodas acu lēcās • Katrs domēns sastāv no 2 grieķu atslēgas motīviem • Abi motīvi ir savienoti ar vienu savienojumu

  10. Gēnu duplikācija g-kristalīna evolūcijā • Diviem domēniem ir aptuveni 40% sekvences identitāte • Diviem viena domēna motīviem ir 20-30% identitāte 1. 2. x 2 x 2

  11. Ruletes (“Jelly roll”) b-muca

  12. Ruletes b-muca veidojas, satinoties 8 virkņu antiparalēlai beta plāksnei

  13. Divas grieķu atslēgas ruletes b-mucā

  14. Ruletes muca vīrusos • Ļoti bieži sastopams domēns sfēriskajos vīrusos • Vīrusos muca ir saplacināta un ar spirālēm dažu cilpu vietā • Piemērs: rinovīruss (t.i. iesnu vīruss))

  15. Visu klasisko 8 virkņu b-mucu salīdzinājums Augšup-lejup g-kristalīna veida ruletes

  16. Vēl viena b-muca – himotripsīna folds • Veido divus līdzīgus domēnus himotripsīnā, tripsīnā un visās pārējās serīna proteāzēs • Dažiem ne-proteāžu proteīniem arī ir tāds pats folds • Viens grieķu atslēgas motīvs un viena b-matadata (kopā sešas b-virknes) veido mucu • Aktīvais centrs atrodas starp abām mucām

  17. Himotripsīna struktūra 1. domēns 2. Domēns

  18. Zaļās fluorescences proteīns • b- muca sastāv no 11 virknēm, topoloģija atšķiras no visām iepriekš apskatītajām

  19. b Propellera piemērs neiraminidāzē • 6 augšup-lejup b plāksnes veido propelleram līdzīgu struktūru • Neiraminidāze: Influenzas vīrusa proteīns, iesaistīts viriona izkļūšanā no šūnas • Tetramērisks proteīns, katrs monomērs satur vienu propelleri

  20. Neiraminidāzes tetramērs

  21. Aktīvais centrs b-propellera proteīnos • Propellera augšpusē ir garas cilpas • Cilpas veido aktīvo centru

  22. b spirāle • Divi dažādi veidi – divu un trīs plākšņu b spirāles • Abi varianti ir novirzes no idealizētas vienas virknes b spirāles • Nejaukt ar a spirāli, kura ir daudz šaurāka a-spirāle Idealizēta b-spirāle (realitātē neeksistē)

  23. Divu plākšņu b spirāle

  24. Divu plākšņu b spirāles sekvences struktūra X9 X7 U8 U8 X7 X9 Gly-Gly-X-Gly-X-Asp-X-U-X X=jebkura aminoskābe U=bieži Leu Starp cilpām ir Ca2+ joni

  25. Trīs plākšņu b spirāle Atšķirībā no divu plākšņu spirāles, nav novērota īpaša sekvences struktūra

  26. Pektāta liāzes struktūra

More Related