280 likes | 423 Views
Аппаратные ресурсы. Программное обеспечение. Организация работы пользователей. Грид в ЦИВК, принципы работы. http://lit.jinr.ru. Аппаратно-программная конфигурация ЦИВК. Структурная схема ЦИВК Сетевые соединения. 1Gbit Ethernet - опорная сеть.
E N D
Аппаратные ресурсы. Программное обеспечение. Организация работы пользователей. Грид в ЦИВК, принципы работы. http://lit.jinr.ru Аппаратно-программная конфигурация ЦИВК
Структурная схема ЦИВК Сетевые соединения
1Gbit Ethernet - опорная сеть. Маршрутизатор и коммутаторы 1GbE. Не более 3-х коммутаций между любыми 2-мя машинами ЦИВК. 4-8 линий между 1-ым и 2-ым уровнями (802.3ad – link aggregation). 10GbE до опорной сети ОИЯИ (план). Сетевое окружение
60 машин: Xeon 5150, 8GB RAM, 64-х битная архитектура- x86_64. 2 x ЦПУ по 2 ядра = 4 ЦПУ на машину. 2 GB RAM на ядро (ЦПУ). 100 GB scratch на машину. 2730 SI2000 на ядро. Всего: 240 ЦПУ; ~650 kSI2k. Вычислительные ресурсы -счетная ферма
20 машин: Xeon 5345, 16GB RAM, x86_64. 2 x ЦПУ по 4 ядра = 8 ЦПУ на машину = 160 ЦПУ. 2 GB RAM на ядро. 200 GB scratch на машину. 2700 SI2000 на ядро = 432 kSI2k. Всего: 400 ЦПУ; > 1000kSI2k. Счетная ферма - расширение(март 2008)
Общий (физический) объем: > 120TB. Аппаратный RAID5 (3ware/AMCC). Программный RAID1 (AFS и т.п.). Direct Attached SATA (счетные, интерактивные машины и т.п.). Доступный объем: 1.3TB - AFS; 82TB - dCache. Дисковые ресурсы
4 машины для интерактивной работы: 2 - Intel Core 2 Duo; 2 - AMD Athlon. Серверы AFS и NFS. Серверы dCache. Серверы общего назначения. Серверы WLCG сайта (грид). Остальные ресурсы
Архитектура серверов: от Intel Celeron и Pentium 3 до Atlon64 X2 и Core 2 Duo. Всего серверов 64. Архитектура и ЦПУ: uname -ip подробнее – cat /proc/cpuinfo. Объем RAM: free Остальные ресурсы (продолжение)
Основная ОС - Scientific Linux SL 4.5 (SL4) – клон RHEL4, на всех счетных машинах (cat /etc/redhat-release). Основная архитектура – x86_64, 64-х битная (uname -i). Установлены все пакеты совместимости для выполнения 32-х битных программ. Система пакетной обработки (batch): Torque + Maui. Программное обеспечение
Рекомендуется для разработки ПО использовать SL4 x86_64 на lxpub01/02. Для совместимости: SL4 i386 на lxpub03; SL3 i386 на lxpub04. Разработка ПО для архитектуры i386 возможна, но не тривиальна. SL3 будет только до конца 2008. Предполагается полный переход на 64-х битную архитектуру. Программное обеспечение (продолжение)
Компиляторы, компоновщик и отладчик из SL4 версии 3.4.6: gcc; g++; f77; ld; gdb(gcc -v). Дополнительно из SL4: gcc4; g++4; gfortran. Дополнительно от Intel: icc; icpc; ifort; idb (icc -V). Средства разработки Intel дают ~15% повышения производительности ПО. Программное обеспечение Средства разработки ПО
CERNlib 2006, архитектура x86_64 (gcc4). ROOT 5.14.00e, архитектура x86_64. OpenMPI 1.2.5, архитектура x86_64 (компиляторы Intel). JINRlib (g77, gfortran и ifort). Программное обеспечение Средства разработки ПО (продолжение)
Практически все -devel- RPM из SL4: glibc; libstd++ и т.д, архитектура x86_64 (некоторые - i386) (file /lib64/libc-2.3.4.so;file /lib/libc-2.3.4.so). Perl, Python, Tcl, Tk (только x86_64). Средства разработки для графических оболочек: xorg; kde; gnome. Программное обеспечение Средства разработки ПО (продолжение)
Рекомендуется использовать kde. Графические оболочки: xorg; kde; gnone. Терминал: xterm; konsole. WWW/FTP: firefox; konqueror; gftp. Редакторы: gvim; emacs; nedit. Mail: kmail; thunderbird. Программное обеспечение Средства поддержки - графика
Документы: ooffice; acroread; ggv; kpdf; kghostview. Калькулятор: qalc; kcalc. Разработка: kdevelop; bluefish (www) . Текст: Tex/LaTex. Изображения: gimp; xfig; kuickshow. Программное обеспечение Средства поддержки – графика (прод)
Рекомендуется использовать putty (ssh) для входа из Windows. WWW/FTP: links; lynx; wget; lftp; pftp. Редакторы: vim; pico. Mail: alpine (pine); mutt. Программное обеспечение Средства поддержки - текст
Структурная схема ЦИВКПотоки данных и задач
Подробное описание – на сайте: http://lit.jinr.ru. Интерактивная работа: lxpub01 -:- lxpub04– User Interface. Разработка и отладка ПО, не счет. Работа с графикой. Подготовка документации. Mail, WWW и т.п. Интерактивный вход на остальные машины запрещен. Организация работы пользователей
Все счетные задачи работают через batch систему (qsub, qstat, qpeek, qdel). Приоритеты и порядок запуска – планировщик Maui (“умный” алгоритм). Желательно указывать для batch: время CPU; RAM; размер scratch. Как правило: одна задача – 1 CPU. Организация работы пользователей (продолжение)
Максимальное количество задач пользователя = 170. Максимальные параметры задач: CPU=400 часов;RAM=2GB;scratch=25GB. Параллельные задачи – особый случай. Примеры задач для batch - на сайте LIT:http://lit.jinr.ru Организация работы пользователей (продолжение)
Регистрируются в базе kerberos5. Домашние директории в AFS. Хранение данных в dCache. Возможно выделение дополнительного места в AFS под большое ПО для группы/пользователя. На UI есть scratch: /scr/u/... На счетных машинах задача должна работать в scratch:cd $TMPDIR Регистрация и ресурсы пользователей
Структурная схема ЦИВКПотоки данных и задач
ЦИВК имеет общие ресурсы с сайтом WLCG – JINR-LCG2: счетные машины и дисковые массивы в dCache. Единый сервер запуска задач в batch. Интерактивные машины работают как User Interface для WLCG. 16 машин обслуживают инфраструктуру сайта JINR-LCG2. Работают 9 Виртуальных Организаций - VO. WLCG грид в ЦИВК
Преимущества грид (потенциальные): неограниченные компьютерные ресурсы всего мира. Необходимо: получить сертификат и стать членом Виртуальной Организации. Задачи должны удовлетворять достаточно жестким требованиям: использовать стандартные для грид протоколы. WLCG грид в ЦИВКпользователям грид
WLCG работает c ПО промежуточного уровня gLite, версия 3.1. Запуск и проверка заданий: . /opt/ui/etc/profile.d/grid-env.sh (только на lxpub01/02) voms-proxy-init -voms dteam glite-wms-job-submit -a -o t1 t1.jdl glite-wms-job-status -i t1 glite-wms-job-output -i t1 WLCG грид в ЦИВКиспользование
Материалы с дополнениниями и примерами будут опубликованы на http://lit.jinr.ru “Вычисл. & Инф. Ресурсы” -> “ЦИВК”. В 20-ых числах февраля все вычислительные и дисковые ресурсы будут не доступны в связи с модернизацией сетевой структуры ЦИВК. Заключение