1 / 8

Программа MEME

Программа MEME. Множественное локальное выравнивание. http://meme.nbcr.net/meme4_3_0/cgi-bin/meme.cgi. Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное МЕМЕ – наиболее популярная программа множественного локального выравнивания

macha
Download Presentation

Программа MEME

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Программа MEME Множественное локальное выравнивание http://meme.nbcr.net/meme4_3_0/cgi-bin/meme.cgi

  2. Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное • МЕМЕ – наиболее популярная программа множественного локального выравнивания • MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов

  3. Онлайн форма MEME Следует заполнить: • Email • Загрузить файл с последовательностями в FASTA-формате (или paste в текстовое поле) • Указать, сколько раз найденный блок может встречаться в заданном выравнивании • Один • От нуля до одного • Любое число раз

  4. Основные результаты MEME Для каждого блока • SEQUENCE LOGO • loglikelihoodratio(LLR) • E-value • p-value • PSSM (position-specificscoringmatrix • PSPM (position-specificprobabilitymatrix)

  5. MEME vs Muscle • Блоки MEME не обязательно во всех последовательностях • Блоки MEME могут не совпадать с выравниванием Muscle

  6. PSSM (position-specific scoring matrix) LQEHFHC LQEFFHC LECYFGS 1234567

  7. Motif file name: MEME motifs from sequences in file pasted_sequences. • Number of motifs: 1 • Total motif columns: 46 • Motif alphabet: PROTEIN • Database to search: Protein Data Bank (peptide and nucleotide) (pdb.aa) • Displaying sequences with E-value < 10 • Motif display threshold: motif p-value < 0.0001

  8. Основные результаты MAST

More Related