1 / 26

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger. Delprojekt af Brugbare Data Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh. Disposition. Baggrund for projekt Indsamling af data Hvordan er test foregået Resultater Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser Effekt i avlsværdivurdering

sidone
Download Presentation

Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. Kontrol af indberettede afstamningsoplysninger Delprojekt af Brugbare Data Kevin Byskov, Jørn Pedersen og Anders Fogh

  2. Disposition • Baggrund for projekt • Indsamling af data • Hvordan er test foregået • Resultater • Sammenligning - andre forældreskabsundersøgelser • Effekt i avlsværdivurdering • Hvordan følger vi op

  3. Baggrund for delprojektet • Udvikling af ny SNP baseret forældreskabstest • Billigere end nuværende microsatellit-metode • Genbestemmelse af fejlrate i afstamningen hos dansk malkekvæg • I forbindelse med udvikling CVM-testen blev der estimeret en fejlrate mellem far og afkom på 3,8 % hos Holstein • Undersøge sammenhænge mellem fejlrate og forskellige besætningsfaktorer

  4. Data • Øreklipprøver indsamlet i 2008 • 1230 kalve og 1184 køer i 54 besætninger • Tvillinger, koen kunne ikke findes mm. • Data fra 3 besætninger gik tabt under oprensning af DNA (74 ko-kalv par) • Manglende DNA på mor/far for dårlig/lidt DNA • 996 kombinationer af kalv-ko-tyr testet

  5. Test af øreklip-DNA • Alle dyr er testet med den nyudviklede metode (VeraCode) • DNA-mængde og kvalitet var ikke altid tilstrækkelig til VeraCode-metoden • Øreklipene, som metoden var testet på inden dette projekt, indeholdt mere DNA-meteriale • SNPs udvalgt så test skulle kunne anvendes på tværs af racer (kød og malkekvæg) • For få informativeSNPs inden for race, når en del SNPs samtidig udgik på grund af dårlig DNA-kvalitet

  6. Testresultater VeraCode

  7. Test af øreklip-DNA Resultat af VeraCode Udvalgt til microsatellit

  8. Test af øreklip-DNA • Ekstra blodprøve er indsamlet fra 10 kalve og deres mødre, for at verificere at den afviste afstamning på basis af øreklipprøven er korrekt afvist • Kontrol af prøveudtagningen i første runde • Mødre med microsatellit-test er sammenhold MF • Finder vi omtrent samme resultater?

  9. Resultater

  10. Hvor opstår fejlene • Da ikke alle dyr er testet med en sikker metode, er det svært at påvise sammenhænge mellem fejlrate og besætningsfaktorer • Meget forskelligt fra besætning til besætning hvor mange dyr, som er testet med microsatelliter • Der er alligevel nogle ting, som står klart på baggrund af de resultater, vi har til rådighed

  11. Hvor opstår fejlene • Ca. 2/3 af de fundne fejl skyldes fejlmatch mellem ko og kalv • Obs! Undersøgelsen er foretaget i store besætninger, hvor denne type fejl muligvis er hyppigere • Fejlmatch af ko og kalv tæller ”dobbelt” • En Ko-fejl kommer sjældent alene… • Svag tendens til, at besætninger med fælles- kælvningsboks har en højere fejlrate • Men også mange ko-kalv fejl i besætnigner med enkelt-kælvningsbokse

  12. Hvor opstår KO-KALV fejlene • I 19 af de 50 undersøgte besætninger er der ikke fundet tilfælde af fejlmatch mellem ko og kalv • I de resterende 31 besætninger har der i gennemsnit ved de testede dyr været 1 fejl for ca. hver 11. kviekalv • For hver 22 fødte kalve sker der én ombytning

  13. Tyrfejl • Kun ca. 1/3 af de fundne fejl skyldes alene fejl mellem tyr og kalv • Oftest vil kalven også optræde med forkert far, hvis mor er forkert • 1/3 af de fundne fejl mellem tyr og kalv er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør • Kun 1/9 af de undersøgte kalvene er resultat af en inseminering foretaget af ejerinseminør • højere fejlrate hos ejerinseminører

  14. Niveau i andre lande * Fejlrate i 5 afkomsgrupper af Angeltyre

  15. Effekt i avlsværdiberegningerne

  16. Effekt i avlsværdiberegningerne 2 1 3 4

  17. Effekt i avlsværdiberegningerne 1 2 4 3

  18. Effekt i avlsværdiberegningerne 1 2 3 4

  19. Effekt i avlsværdiberegningerne • Endvidere bliver estimater for fx heritabilitet mindre, hvis der er fejl i afstamning (Van Vleck (1970) ) hvor p = andelen af korrekt identificerede afkom • USA: 11 % af døtre fik påsat ny far tilfældigt • lavere trend i forhold til rutine avlsværdivurdering (Banos et al. 2001)

  20. Effekt i avlsværdiberegningerne • Eksempel: Arvbarhed 0,30 Antal døtre 100 • Ingen fejl i afst: Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,89 • 10 % fejl I afstamning  h2= (1-0,10)2*0,30 Sikkerhed på grundlag af døtre = 0,87 • Reduktion i avlsfremgang ~ 1-1,5%

  21. Konklusion – udvikling af ny test • VeraCode-metoden er billigere og arbejdsmæssigt nemmere at gennemføre end microsatellit-metoden • VeraCode-metoden er ikke velegnet på små øreklip • Metoden er velegnet til blod- og sædprøver • VeraCode-metoden er allerede overhalet af nye metoder • Stor udvikling inden for området bl.a. pga. genomisk selektion

  22. Konklusion – Fejlrate og besætningsfaktorer • Fejlraten er højere end forventet • Specielt flere fejl mellem ko og kalv end forventet • Der er for mange fejl • Lavere sikkerhed på avlsværdivurdering • Para TB – sanering? • Salg af levedyr – eksport • Bekendtgørelse om mærkning, registrering og flytning af kvæg, svin, får eller geder §17 stk. 3 4) ”Moders CKR-nummer. I tilfælde af embryotransplantation indberettes både donor- og recipientmoder”

  23. Hvordan forholder vi os fremadrettet • På lang sigt: • Forældreskabstest tænkes ind i nye projekter • Genomisk selektion - Storskalaindsamling af DNA • På kort sigt: • Information om resultater • Hvad er det der skal speciel fokus på – registrering af kalvens mor • Rutiner

  24. Standard Operationel Procedures

  25. Anerkendelse Det Europæiske Fællesskab og Fødevareministeriet ved Direktoratet for FødevareErhverv har deltaget i finansieringen af denne aktivitet. DNA-ordog

  26. Spørgsmål?

More Related