Camila – Eutheria (gene ?)

2. Camila – Eutheria (gene?)

3. Camila – Aves - Neognathae (COI) • Neognathae (superordem) • Sphenisciformes (ordem) • Spheniscidae (família de pinguins) • Eudyptes (E. robustus, E. pachyrhynchus, E. schlegeli, E. chrysocome, E. chrysolophus e E. sclateri) • Aptenodytes (A. patagonicus e A. forsteri) • Megadyptes (M. antipodes) • Anseriformes (ordem) • Anatidae (família de patos) • Anas (A. acuta) • Região utilizada: CDS da subunidade 1 da citocromo oxidase.

4. Diego – Amphibia - Cytb Método: UPGMA? Modelo: Tamura-Nei Outgroup? Seria interessante enraizar a tua árvore. Pode ser com qq tetrápoda.

5. Helder • Sequencias parciais de CytB para a Família Petromyzontidae (Hyperoartia) Diferentes gêneros e mais de uma espécie por gênero. • Alinhei e acrescentei as sequencias dos outros vertebrata. • Talvez aqui fosse conveniente limitar o set de dados aos Hyperoartia e colocar duas ou três espécies como outgroups. • A Família Petromyzontidae é monofilética mas os gêneros dentro desta família são parafiléticos. • ok • Peixes cartilaginosos formaram grupo irmão com Hyperoartia além dos outros problemas já mencionados em sala de aula para o gene cytB neste nível hierárquico. • Talvez seja só um problema de outgroup. É preciso ver como fica se vc colocar um grupo externo a todos estes organismos (um protocordado, por exemplo).

6. Helder Xenarthra Você tentou enraizar aqui? Esta é a raiz da tua árvore. Se o MEGA não detectou, não tem problema, é a raiz a priori.

7. Helder Xenarthra Afrotheria É conveniente também colocar mais de um outgroup. Por exemplo, vc pode colocar duas espécies de Afrotheria E uma de Laurasiatheria.

8. Helder

9. Helder Mais uma vez, faltou a raiz. Parece que todos os problemas ocorreram por causa de Outgroups não apropriados.

10. Wellington COI Modelo?

11. Wellington COI Modelo?

12. Wellington CytB Modelo?

13. Talvez aqui a melhor saída seja mesmo restringir o seu set de dados. Tente colocar os anfíbios como grupo irmão, mantenha os répteis, as aves e os mamíferos e veja como fica. Wellington CytB Modelo?

14. Saulo CytB Modelo?

15. Saulo CytB Modelo?

16. Denise CytB Modelo? Outgroup?

17. Foram selecionadas 9 seqüências do gene que codifica a subunidade beta da RNA polimerase (rpoB) para indivíduos do gênero Streptococcus e do Lactobacillus pertencentes a Ordem Lactobacillales. Priscila Método: Neighbor Joining (NJ) Modelo de distância p. Árvore linearizada Conclusão: o gene nuclear não é uma boa escolha para estudo de filogenia de espécies relacionadas, uma vez que é conservado e possui taxa de mutação lenta. Nesse caso, um gene mitocondrial seria mais apropriado para estudo de relações de parentesco recentes. Não entendi...

18. Priscila Método usado: NJ Modelo: Tamura-Nei

19. Priscila Talvez aqui fosse o caso de colocar um grupo externo contendo apenas aves, ou apenas lagartos, ou ambas as coisas. Misturar tudo pode prejudicar o entendimento da tua árvore.

20. Priscila

21. Priscila - Miostatina Será que o CytB também não funcionaria com este conjunto de espécies?