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Class I-A

Arabidopsis thaliana PHO1;H2. Arabidopsis thaliana PHO1;H2. 100. 100. Capsella rubella PHO1;H11. Capsella rubella PHO1;H11. 63. 64. Thellungiella halophila PHO1;H9. Thellungiella halophila PHO1;H9. 100. 100. Brassica rapa PHO1;H17. Brassica rapa PHO1;H17. 97. 97.

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Presentation Transcript

  1. Arabidopsis thaliana PHO1;H2 Arabidopsis thaliana PHO1;H2 100 100 Capsella rubella PHO1;H11 Capsella rubella PHO1;H11 63 64 Thellungiella halophila PHO1;H9 Thellungiella halophila PHO1;H9 100 100 Brassica rapa PHO1;H17 Brassica rapa PHO1;H17 97 97 Brassica rapa PHO1;H16 Brassica rapa PHO1;H16 77 84 Capsella rubella PHO1;H10 Capsella rubella PHO1;H10 100 100 Arabidopsis thaliana PHO1;H6 Arabidopsis thaliana PHO1;H6 100 100 Thellungiella halophila PHO1;H10 Thellungiella halophila PHO1;H10 87 85 Brassica rapa PHO1;H19 Brassica rapa PHO1;H19 58 50 Brassica rapa PHO1;H21 Brassica rapa PHO1;H21 a b 100 100 Brassica rapa PHO1;H20 Brassica rapa PHO1;H20 Brassica rapa PHO1;H18 Brassica rapa PHO1;H18 59 54 86 79 Brassica rapa PHO1;H13 Brassica rapa PHO1;H13 Thellungiella halophila PHO1;H11 Thellungiella halophila PHO1;H11 100 100 Arabidopsis thaliana PHO1;H5 Arabidopsis thaliana PHO1;H5 100 100 100 100 Capsella rubella PHO1;H9 Capsella rubella PHO1;H9 Brassica rapa PHO1;H23 Brassica rapa PHO1;H15 50 52 Brassica rapa PHO1;H22 Brassica rapa PHO1;H23 91 Brassica rapa PHO1;H15 Brassica rapa PHO1;H22 93 Brassica rapa PHO1;H14 Brassica rapa PHO1;H14 100 90 100 100 100 91 • Brassica rapaPHO1;H2 Brassica rapa PHO1;H2 Thellungiella halophila PHO1;H8 Thellungiella halophila PHO1;H8 98 70 98 Arabidopsis thaliana PHO1;H3 Arabidopsis thaliana PHO1;H3 74 97 99 Capsella rubella PHO1;H8 Capsella rubella PHO1;H8 Carica papaya PHO1;H3 Carica papaya PHO1;H3 Citrus clementina PHO1;H5 Citrus clementina PHO1;H5 Linum usitatissimum PHO1;H8 Linum usitatissimum PHO1;H8 99 99 Linum usitatissimum PHO1;H6 Linum usitatissimum PHO1;H6 60 66 Linum usitatissimum PHO1;H7 Linum usitatissimum PHO1;H7 100 100 54 Linum usitatissimum PHO1;H5 Linum usitatissimum PHO1;H5 98 100 Linum usitatissimum PHO1;H10 Linum usitatissimum PHO1;H10 100 100 Linum usitatissimum PHO1;H9 Linum usitatissimum PHO1;H9 100 100 70 Linum usitatissimum PHO1;H11 Linum usitatissimum PHO1;H11 74 Ricinus communis PHO1;H3 Ricinus communis PHO1;H3 90 91 Ricinus communis PHO1;H2 Ricinus communis PHO1;H2 51 Manihot esculenta PHO1;H3 Manihot esculenta PHO1;H3 63 63 Populus trichocarpa PHO1;H7 Populus trichocarpa PHO1;H7 98 99 Populus trichocarpa PHO1;H4 Populus trichocarpa PHO1;H4 100 100 Populus trichocarpa PHO1;H6 Populus trichocarpa PHO1;H6 100 100 65 Populus trichocarpa PHO1;H11 Populus trichocarpa PHO1;H11 62 Thellungiella halophila PHO1;H7 Thellungiella halophila PHO1;H7 84 88 Thellungiella halophila PHO1;H2 Thellungiella halophila PHO1;H2 75 69 87 83 Brassica rapa PHO1;H5 Brassica rapa PHO1;H5 61 Brassica rapa PHO1;H7 Brassica rapa PHO1;H7 70 Capsella rubella PHO1;H2 Capsella rubella PHO1;H2 100 100 100 100 Arabidopsis thaliana PHO1;H8 Arabidopsis thaliana PHO1;H8 Arabidopsis thaliana PHO1;H7 Arabidopsis thaliana PHO1;H7 100 100 Capsella rubella PHO1;H1 Capsella rubella PHO1;H1 100 100 Capsella rubella PHO1;H5 Capsella rubella PHO1;H5 100 100 Arabidopsis thaliana PHO1;H4 Arabidopsis thaliana PHO1;H4 62 100 100 84 78 Brassica rapa PHO1;H4 Brassica rapa PHO1;H4 Thellungiella halophila PHO1;H1 Thellungiella halophila PHO1;H1 Carica papaya PHO1;H2 Carica papaya PHO1;H2 Phaseolus vulgaris PHO1;H6 Glycine max PHO1;H9 60 67 79 Glycine max PHO1;H9 Phaseolus vulgaris PHO1;H6 85 100 Glycine max PHO1;H10 Glycine max PHO1;H10 100 Glycine max PHO1;H11 Glycine max PHO1;H11 100 Glycine max PHO1;H2 100 Glycine max PHO1;H2 100 100 Glycine max PHO1;H7 Glycine max PHO1;H7 100 100 55 Phaseolus vulgaris PHO1;H7 20 Phaseolus vulgaris PHO1;H7 Cucumis sativus PHO1;H1 Cucumis sativus PHO1;H1 77 86 Cucumis sativus PHO1;H6 Cucumis sativus PHO1;H6 Malus domestica PHO1;H8 Malus domestica PHO1;H8 58 50 Malus domestica PHO1;H9 Malus domestica PHO1;H9 100 100 Malus domestica PHO1;H7 Malus domestica PHO1;H7 99 99 Malus domestica PHO1;H10 Malus domestica PHO1;H10 100 100 Prunus persica PHO1;H3 Prunus persica PHO1;H3 55 Vitis vinifera PHO1;H6 Vitis vinifera PHO1;H6 Mimulus guttatus PHO1;H6 Mimulus guttatus PHO1;H6 Class I-A Vitis vinifera PHO1;H3 Vitis vinifera PHO1;H3 100 100 82 Vitis vinifera PHO1;H2 Vitis vinifera PHO1;H2 83 85 97 Vitis vinifera PHO1;H5 Vitis vinifera PHO1;H5 87 100 Class I Vitis vinifera PHO1;H4 Vitis vinifera PHO1;H4 Citrus sinensis PHO1;H1 Citrus sinensis PHO1;H1 100 100 Citrus clementina PHO1;H7 Citrus clementina PHO1;H7 100 100 Citrus clementina PHO1;H6 Citrus clementina PHO1;H6 100 99 97 98 Populus trichocarpa PHO1;H12 Populus trichocarpa PHO1;H12 Aquilegia coerulea PHO1;H1 Aquilegia coerulea PHO1;H1 Aquilegia coerulea PHO1;H2 Aquilegia coerulea PHO1;H2 100 100 Aquilegia coerulea PHO1;H5 Aquilegia coerulea PHO1;H5 Capsella rubella PHO1;H4 Citrus clementina PHO1;H4 100 100 64 Arabidopsis thaliana PHO1;H9 Citrus sinensis PHO1;H2 56 Thellungiella halophila PHO1;H3 Populus trichocarpa PHO1;H9 100 98 75 Brassica rapa PHO1;H1 Manihot esculenta PHO1;H5 99 Brassica rapa PHO1;H6 Eucalyptus grandis PHO1;H4 50 55 Carica papaya PHO1;H4 Capsella rubella PHO1;H3 55 72 Citrus clementina PHO1;H2 Arabidopsis thaliana PHO1;H10 100 100 Citrus sinensis PHO1;H5 27 Brassica rapa PHO1;H3 59 Manihot esculenta PHO1;H6 Thellungiella halophila PHO1;H4 100 Manihot esculenta PHO1;H4 Prunus persica PHO1;H5 100 78 Ricinus communis PHO1;H1 Medicago truncatula PHO1;H4 54 100 Populus trichocarpa PHO1;H1 Medicago truncatula PHO1;H3 100 Eucalyptus grandis PHO1;H1 Phaseolus vulgaris PHO1;H2 100 98 100 Eucalyptus grandis PHO1;H2 Glycine max PHO1;H13 100 100 Eucalyptus grandis PHO1;H3 Cucumis sativus PHO1;H7 56 Mimulus guttatus PHO1;H3 Mimulus guttatus PHO1;H7 100 Mimulus guttatus PHO1;H2 Eucalyptus grandis PHO1;H1 100 Cucumis sativus PHO1;H3 Eucalyptus grandis PHO1;H2 100 100 Cucumis sativus PHO1;H2 Eucalyptus grandis PHO1;H3 52 Vitis vinifera PHO1;H7 Citrus clementina PHO1;H2 92 100 Dicotyledon 99 Glycine max PHO1;H6 Citrus sinensis PHO1;H5 100 Glycine max PHO1;H3 100 Manihot esculenta PHO1;H6 100 Phaseolus vulgaris PHO1;H1 Manihot esculenta PHO1;H4 100 100 Medicago truncatulaPHO1;H5 Ricinus communis PHO1;H1 100 57 Medicago truncatulaPHO1;H6 Populus trichocarpa PHO1;H1 61 Malus domestica PHO1;H2 Cucumis sativus PHO1;H3 100 100 Malus domestica PHO1;H1 Cucumis sativus PHO1;H2 100 56 Dicotyledon Malus domestica PHO1;H11 Vitis vinifera PHO1;H7 100 Prunus persica PHO1;H1 Capsella rubella PHO1;H4 100 Citrus clementina PHO1;H4 Arabidopsis thaliana PHO1;H9 51 100 Citrus sinensis PHO1;H2 Thellungiella halophila PHO1;H3 73 Populus trichocarpa PHO1;H9 Brassica rapa PHO1;H1 100 68 96 Manihot esculenta PHO1;H5 Brassica rapa PHO1;H6 99 Eucalyptus grandis PHO1;H4 Carica papaya PHO1;H4 63 Capsella rubella PHO1;H3 Mimulus guttatus PHO1;H3 84 100 Arabidopsis thaliana PHO1;H10 Mimulus guttatus PHO1;H2 94 100 Brassica rapa PHO1;H3 Glycine max PHO1;H6 51 100 Thellungiella halophila PHO1;H4 Glycine max PHO1;H3 100 Cucumis sativus PHO1;H7 Phaseolus vulgaris PHO1;H1 75 100 Prunus persica PHO1;H5 Medicago truncatula PHO1;H5 100 Medicago truncatulaPHO1;H4 Medicago truncatula PHO1;H6 100 68 99 Medicago truncatulaPHO1;H3 Malus domestica PHO1;H2 100 100 Phaseolus vulgaris PHO1;H2 Malus domestica PHO1;H1 100 100 Glycine max PHO1;H13 Malus domestica PHO1;H11 100 Mimulus guttatus PHO1;H7 Prunus persica PHO1;H1 Selaginella moellendorffii PHO1;H4 Selaginella moellendorffii PHO1;H4 82 81 Selaginella moellendorffii PHO1;H10 Selaginella moellendorffii PHO1;H10 96 95 100 Selaginella moellendorffii PHO1;H3 Selaginella moellendorffii PHO1;H3 100 80 79 Selaginella moellendorffii PHO1;H8 Selaginella moellendorffii PHO1;H8 Selaginella moellendorffii PHO1;H5 Selaginella moellendorffii PHO1;H5 Glycine max PHO1;H8 Glycine max PHO1;H8 100 99 Glycine max PHO1;H5 Glycine max PHO1;H5 100 100 98 Phaseolus vulgaris PHO1;H5 Phaseolus vulgaris PHO1;H5 97 Medicago truncatula PHO1;H1 Medicago truncatulaPHO1;H1 Glycine max PHO1;H4 Glycine max PHO1;H4 100 100 82 84 Glycine max PHO1;H1 Glycine max PHO1;H1 100 100 Phaseolus vulgaris PHO1;H3 Phaseolus vulgaris PHO1;H3 71 72 Medicago truncatula PHO1;H2 Medicago truncatulaPHO1;H2 1 Cucumis sativus PHO1;H4 Cucumis sativus PHO1;H4 Citrus clementina PHO1;H1 Citrus clementina PHO1;H1 100 Class I-B 100 Citrus sinensis PHO1;H4 Citrus sinensis PHO1;H4 Mimulus guttatus PHO1;H5 Mimulus guttatus PHO1;H5 72 78 Aquilegia coerulea PHO1;H4 Aquilegia coerulea PHO1;H4 Vitis vinifera PHO1;H8 Vitis vinifera PHO1;H8 Linum usitatissimum PHO1;H4 Linum usitatissimum PHO1;H4 100 100 Linum usitatissimum PHO1;H1 Linum usitatissimum PHO1;H1 Populus trichocarpa PHO1;H3 Populus trichocarpa PHO1;H3 98 100 Populus trichocarpa PHO1;H10 Populus trichocarpa PHO1;H10 65 70 Manihot esculenta PHO1;H1 Manihot esculenta PHO1;H1 59 51 Manihot esculenta PHO1;H7 Manihot esculenta PHO1;H7 70 56 Ricinus communis PHO1;H4 Ricinus communis PHO1;H4 Malus domestica PHO1;H3 Malus domestica PHO1;H3 83 81 Malus domestica PHO1;H6 Malus domestica PHO1;H6 100 100 Prunus persica PHO1;H2 Prunus persica PHO1;H2 Capsella rubella PHO1;H7 Arabidopsis thaliana PHO1 94 86 Arabidopsis thaliana PHO1 Capsella rubella PHO1;H7 54 Brassica rapa PHO1;H10 Brassica rapa PHO1;H10 Brassica rapa PHO1;H8 100 100 Brassica rapa PHO1;H8 Thellungiella halophila PHO1;H6 Thellungiella halophila PHO1;H6 Eucalyptus grandis PHO1;H8 Eucalyptus grandis PHO1;H8 Eucalyptus grandis PHO1;H6 Eucalyptus grandis PHO1;H6 96 98 100 Eucalyptus grandis PHO1;H7 Eucalyptus grandis PHO1;H7 53 99 72 Zea mays PHO1;H2 Zea mays PHO1;H2 75 100 100 Class II-A Sorghum bicolor PHOH2 Sorghum bicolor PHOH2 80 100 100 100 100 Setaria italica PHO1;H2 Setaria italica PHO1;H2 95 91 Oryza sativa PHO1;H2 Oryza sativa PHO1;H2 Brachypodium distachyon PHO1;H2 Brachypodium distachyon PHO1;H2 Pinus taeda PHO1;H2 Pinus taeda PHO1;H2 100 100 100 Pinus taeda PHO1;H1 Pinus taeda PHO1;H1 98 Picea glauca PHO1;H3 Picea glauca PHO1;H3 100 100 Picea glauca PHO1;H2 Picea glauca PHO1;H2 Linum usitatissimum PHO1;H2 Glycine max PHO1;H14 100 96 Linum usitatissimum PHO1;H3 Glycine max PHO1;H12 100 Ricinus communis PHO1;H5 Phaseolus vulgaris PHO1;H4 100 Manihot esculenta PHO1;H2 Cucumis sativus PHO1;H5 Angiosperm Angiosperm 10 Land Plants Populus trichocarpa PHO1;H8 Eucalyptus grandis PHO1;H5 100 Populus trichocarpa PHO1;H2 Malus domestica PHO1;H4 100 100 Land Plants Populus trichocarpa PHO1;H5 Malus domestica PHO1;H5 100 Carica papaya PHO1;H1 Prunus persica PHO1;H4 Brassica rapa PHO1;H9 Populus trichocarpa PHO1;H8 52 100 Brassica rapa PHO1;H11 Populus trichocarpa PHO1;H2 75 99 Brassica rapa PHO1;H12 82 Populus trichocarpa PHO1;H5 Thellungiella halophila PHO1;H5 Linum usitatissimum PHO1;H2 100 Gymnosperm 100 Arabidopsis thaliana PHO1;H1 Linum usitatissimum PHO1;H3 Gymnosperm 71 100 Capsella rubella PHO1;H6 100 Ricinus communis PHO1;H5 97 Citrus sinensis PHO1;H3 Manihot esculenta PHO1;H2 100 Citrus clementina PHO1;H3 Brassica rapa PHO1;H11 59 Glycine max PHO1;H14 Brassica rapa PHO1;H9 82 98 Glycine max PHO1;H12 Brassica rapa PHO1;H12 80 100 Phaseolus vulgaris PHO1;H4 Thellungiella halophila PHO1;H5 100 Cucumis sativus PHO1;H5 Capsella rubella PHO1;H6 59 81 Eucalyptus grandis PHO1;H5 Arabidopsis thaliana PHO1;H1 97 58 Malus domestica PHO1;H4 Class II 95 Citrus sinensis PHO1;H3 100 100 62 Malus domestica PHO1;H5 Citrus clementina PHO1;H3 100 Prunus persica PHO1;H4 Carica papaya PHO1;H1 56 Vitis vinifera PHO1;H1 72 Vitis vinifera PHO1;H1 100 Mimulus guttatus PHO1;H4 Mimulus guttatus PHO1;H4 100 91 87 86 Mimulus guttatus PHO1;H1 Mimulus guttatus PHO1;H1 Aquilegia coerulea PHO1;H3 Aquilegia coerulea PHO1;H3 Sorghum bicolor PHOH3 100 Sorghum bicolorPHOH3 100 99 100 Zea mays PHO1;H1 Zea mays PHO1;H1 99 100 Seed Plants Seed Plants Setaria italica PHO1;H3 100 Setaria italica PHO1;H3 100 Brachypodium distachyon PHO1;H1 Brachypodium distachyon PHO1;H1 65 75 59 94 Oryza sativa PHO1;H3 59 Oryza sativa PHO1;H3 93 Setaria italica PHO1;H1 Setaria italica PHO1;H1 100 100 Sorghum bicolor PHOH1 Sorghum bicolor PHOH1 100 100 Oryza sativa PHO1;H1 Oryza sativa PHO1;H1 Picea glauca PHO1;H1 Picea glauca PHO1;H1 99 98 Pinus taeda PHO1;H3 Pinus taeda PHO1;H3 Plants Class II-B Selaginella moellendorffiiPHO1;H6 Selaginella moellendorffii PHO1;H6 Plants 94 Physcomitrella patens PHO1;H4 88 Physcomitrella patens PHO1;H4 100 100 Physcomitrella patens PHO1;H7 Physcomitrella patens PHO1;H7 100 100 Physcomitrella patens PHO1;H1 Physcomitrella patens PHO1;H1 57 69 Physcomitrella patens PHO1;H6 Physcomitrella patens PHO1;H6 100 100 Physcomitrella patens PHO1;H3 Physcomitrella patens PHO1;H3 Selaginella moellendorffii PHO1;H7 Selaginella moellendorffii PHO1;H7 100 100 Selaginella moellendorffii PHO1;H2 Selaginella moellendorffii PHO1;H2 97 97 Selaginella moellendorffii PHO1;H9 Selaginella moellendorffii PHO1;H9 86 85 Selaginella moellendorffii PHO1;H1 Angiosperm Selaginella moellendorffii PHO1;H1 Angiosperm Physcomitrella patens PHO1;H5 Physcomitrella patens PHO1;H5 100 100 Physcomitrella patens PHO1;H2 Physcomitrella patens PHO1;H2 Micromonas pusilla PHO1 Micromonas pusilla PHO1 95 88 Ostreococcus lucimarinus PHO1 Ostreococcus lucimarinusPHO1 Caenorhabditis elegans SYG-1 Caenorhabditis elegans SYG-1 100 Saccharomyces cerevisiae SYG1 Saccharomyces cerevisiae SYG1 99 Mus musculus XPR1 Mus musculus XPR1 100 Homo sapiens XPR1 Homo sapiens XPR1 Gymnosperm Gymnosperm 0.1 0.1 Class II-Basal 100 100 100 Green algae Out-groups Figure S1. ML trees generated using both WAG and LG models.

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