1 / 43

„Wykorzystanie analiz DNA w celu identyfikacji osobniczej i populacyjnej u drzew leśnych"

„Wykorzystanie analiz DNA w celu identyfikacji osobniczej i populacyjnej u drzew leśnych". Jarosław Burczyk. Zakład Genetyki Instytut Biolog ii i Ochrony Środowiska Uniwersytet Kazimierza Wielkiego Bydgoszcz. Genetyka molekularna…. Specyfika drzew leśnych. - organizmy długowieczne

fran
Download Presentation

„Wykorzystanie analiz DNA w celu identyfikacji osobniczej i populacyjnej u drzew leśnych"

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript


  1. „Wykorzystanie analiz DNA w celu identyfikacji osobniczej i populacyjnej u drzew leśnych" Jarosław Burczyk Zakład Genetyki Instytut Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytet Kazimierza Wielkiego Bydgoszcz

  2. Genetyka molekularna…

  3. Specyfika drzew leśnych - organizmy długowieczne - wysoki poziom heterozygotyczności - duża efektywna wielkość populacji naturalnych - intensywny przepływ genów - przewaga zapłodnienia krzyżowego

  4. Różnorodność genetyczna …

  5. IDENTYFIKACJA • osobnicza • populacyjna • gatunkowa

  6. Zasady dziedziczenia

  7. Identyfikacja osobnicza Linia nierekombinacyjna • Genotyp haploidalny – genotyp haploidalny • Genotyp diploidalny – genotyp diploidalny Linia rekombinacyjna • Genotyp diploidalny – genotyp haploidalny • Genotyp diploidalny – genotyp diploidalny

  8. Linia nierekombinacyjna Genotyp haploidalny – genotyp haploidalny A2B2C3 A2B1C3 A1B3C4 A2B1C2 A1B1C3 A2B1C3 Kto jest moim rodzicem? A2B2C3

  9. Linia nierekombinacyjna A2B1C3 A2B1C3 A2B1C3 A1B2C3 A2B1C3 Kto jest moim dzieckiem? A2B1C3

  10. Linia nierekombinacyjna Genotyp diploidalny – genotyp diploidalny A1A2B1B2 A1A1B1B1 A1A2B1B1 A2A2B1B1 A1A2B1B2 A2A2B2B2 A1A2B3B3

  11. Linia rekombinacyjna Genotyp diploidalny – genotyp haploidalny A1A2B1B2 A1B1 A1B2 A2B1 A2B2 A2B3

  12. Linia rekombinacyjna • Genotyp diploidalny – genotyp diploidalny A1A2B1B2 A1A1B1B1 A1A2B1B1 A2A2B1B1 A1A2B1B2 A2A2B2B2 A1A2B3B3

  13. Do identyfikacji genetycznej potrzebne są markery - losowa reprezentacja genomu - etykiety genetyczne

  14. Cechy dobrego markera - wysoki polimorfizm - kodominacyjny charakter dziedziczenia - neutralność - jednoznaczność określenia alleli - powtarzalność wyników - duża liczebność i równomierne rozmieszczenie w genomie - możliwości zautomatyzowania analiz - prostota i niskie koszty analiz (opracowania markera)

  15. Markery genetyczne - Mikrosatelity (SSR) • tandemowe powtórzenia krótkich sekwencji (1-6 nukleotydów) • rozmieszczone w sekwencjach kodujących i nie kodujących genomu • większość mikrosatelitów wykorzystywanych w genetyce roślin to powtórzenia dwu-nukleotydowe (np: -CACACACACACACA-)

  16. Podstawą analiz mikrosatelitarnych jest PCR - REAKCJA ŁAŃCUCHOWA POLIMERAZY-

  17. Kilka prostych kroków analizy mikrosatelitów....

  18. Izolacja DNA

  19. Przygotowanie reakcji PCR

  20. Amplifikacja DNA

  21. Analiza wielkości fragmentów DNA w automatycznym sekwenatorze

  22. Analiza danych

  23. … i jesteśmy zadowoleni …

  24. Zaplecze laboratoryjne

  25. Potencjał osobowy…

  26. Zestaw markerów cpSSR dla sosny zwycajnej

  27. Zestaw markerów nSSR dla dębów

  28. Zalety mikrosatelitów • kodominacyjny charakter dziedziczenia • wysoki polimorfizm • powtarzalność wyników • możliwości zautomatyzowania analiz • znaczna liczebność markerów w genomie • równomierne rozmieszczenie w genomie • neutralność

  29. Zastosowania mikrosatelitów • Przepływ genów • Systemy kojarzenia • Zróżnicowanie genetyczne • Mapowanie genomów • Identyfikacja osobnicza • Analizy rodzicielstwa

  30. Analiza zmienności genetycznej drzewostanów, plantacji nasiennych i nasion, oraz ich przydatności w programach hodowli drzew. Genetyczna weryfikacja pochodzenia materiału rozmnożeniowego z konkretnych drzew (np. nasion lub zrazów z drzew doborowych). Analiza ‘czystości genetycznej’. Weryfikacja poprawności rozmieszczenia szczepów na plantacjach nasiennych oraz ocena zanieczyszczenia plantacji obcym pyłkiem. Identyfikacja odmian drzew i krzewów rozmnażanych wegetatywnie. Identyfikacja gatunkowa i osobnicza drzew i krzewów powodujących szkody budowlane (np. niszczenie ścian budynków przez korzenie) lub uszkodzenia infrastruktury podziemnej (szczególne rur kanalizacyjnych). Wskazanie konkretnego osobnika ułatwia uzyskanie zezwolenia organu administracji publicznej na usunięcie drzewa (krzewu) będącego przyczyną zniszczeń. Opracowanie na potrzeby certyfikowanych laboratoriów analiz sądowych wysoce wydajnych technik genotypowania drzew i krzewów umożliwiających zastosowanie ich w ekspertyzach sądowych, zlecanych przez Prokuraturę, Policję, czy osoby poszkodowane Wykorzystanie identyfikacji osobniczej

  31. Identyfikacja populacyjna

  32. Fagus sylvatica cpDNA PCR-RFLP

  33. Fagus sylvatica cpDNA cpSSR

  34. FAIROAK: Różnorodność cpDNA u dębów 8 gatunkówdębów, 2673 populacji, 42 haplotypów

  35. Identyfikacja gatunkowa

  36. Larix sp.cpDNA

  37. Larix sp.mtDNA

  38. 15 krajów EVOLTREE 25 partnerów 14.3 mln Euro INRA(Francja) Koordynator Alterra-WUR(Holandia) ARCS(Austria) BFH(Niemcy) CNR-IGV(Włochy) VIB(Belgia) GEUS(Dania) Gottingen Univ(Niemcy) IT(Francja) IPGRI(Włochy) NERC(Wlk. Brytania) PUM(Niemcy) WSL(Szwajcaria) TUZVO(Słowacja) TUM(Niemcy) INIA(Hiszpania) UNIUD(Włochy) CNRS(Francja) UPSC(Szwecja) UKW (Polska) UOULU(Finlandia) Soton(Wlk. Brytania) UWH(Węgry) UU(Szwecja) MPI-COE(Niemcy) Ponad 230naukowców 1/04/2006 - 31/03/2010

  39. Genomika Ewolucja Genetyka Ekologia Reakcje na zmiany klimatu Dynamika różnorodności Procesy ekosystemowe Ochrona zasobów genowych

  40. dziękuję za uwagę ... burczyk@ukw.edu.pl

More Related