1 / 36

Bioinformatika

Bioinformatika. (pro LF, 2008). Jan Pačes hpaces@img.cas.cz. Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz. replikace. transkripce. translace. DNA. RNA. protein. reverzní transkripce. informace. funkce. centrální dogma molekulární genetiky. post-genomická éra.

henrik
Download Presentation

Bioinformatika

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bioinformatika (pro LF, 2008) Jan Pačeshpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz

  2. replikace transkripce translace DNA RNA protein reverzní transkripce informace funkce centrální dogma molekulární genetiky

  3. post-genomická éra nové paradigma současné molekulární biologie: • tradiční výzkum byl založen na hypotézách • moderní výzkum je založen na datech (bottom up approach)

  4. obory a metody • Genomika: stanovení kompletní sekvence DNA a její interpretace (co genom obsahuje) • teoretické možnosti organizmu • Transkriptomika: kompletní set mRNA v buňce, co a kdy je z genomu aktivováno • řízení organizmu • Proteomika: kompletní set proteinů aktuálně v buňce, jakou mají funkci a jak spolupracují • práce (život) organizmu • Metabolomika: kompletní set metabolitů • aktuální stav organizmu

  5. úrovně kontroly počet genů  úroveň mRNA úroveň genové exprese  množství a efektivní účinnost proteinu funkční proteinový produkt genomická sekvence mRNA protein translační kontrola post-translační kontrola transkripční kontrola

  6. problémy bioinformatiky • data: • heterogení • rozprostřená • přístupná (nebo ne) • veřejná vs komerční vs vlastní • nekompletní • redundantní • znečištěná

  7. problémy bioinformatiky • slovník: • např autoři: • John B. Smith • J. B. Smith • JB Smith • Smith, John B • Smith, JB • Smith JB • Smith J B

  8. Zdroje dat na internetu (pro LF, 2008) Jan Pačeshpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz

  9. Social bookmarking

  10. ncbi

  11. ncbi

  12. ncbi

  13. entrez search syntax General syntax: search_term [tag] boolean_operator search_term [tag] [AD] Affiliation [ALL] All fields [AU] Author name [RN] Enzyme Commission or Chemical Abstract Service numbers [EDAT] Entrez date [IP] Issue of joumal [TA] Jornal ISSN number [LA] Language

  14. entrez search syntax [MAJR] MeSH major topic [MH] MeSH terms (Controlled vocabulary of biomedical terms. MeSH stands for medical subject heading.) [SH] Subheading (Used to modify MeSH Terms) [PS] Personal name as subject [DP] Publication date [PT] Publication type [NM] Substance name [TW] Text words [UID] Unique identifiers (PMID/MEDLINE numbers) [VI] Volume of journal

  15. ncbi books

  16. books @ ncbi

  17. books @ ncbi

  18. books @ ncbi

  19. Biobar – toolbar for firefox

  20. genome browser

  21. genome browser

  22. genome browser

  23. genome browser

  24. genome browser

  25. genome browser

  26. Priony (pro LF, 2008) Jan Pačeshpaces@img.cas.cz Ústav molekulární genetiky AVČR http://www.img.cas.cz

  27. prion infekční proteinová částice (analogie virionu) všechny nemoci způsobují poškození mozku nebo jiné nervové tkáně jsou neléčitelné a smrtelné Pruisner, SB (1982), "Novel proteinaceous infectious particles cause scrapie", Science, vol. 216, no. 4542, p. 136-44 (pronounciation is explicitly defined as "pree-on" on page 141, third column)

  28. nemoci u člověka • různé Creutzfeldt-Jakobovy choroby (CJD) • Variant CJD • Iatrogenic CJD • Familial CJD • Sporadic CJD • Alpers Syndrome • Kuru (Laughling death disease) • Fatal Familial Insomnia (FFI) • Gerstmann-Sträussler-Scheinker syndrom (GSS)

  29. nemoci u zvířat • Bovine Spongiform Encephalopathy (BSE, nemoc šílených krav) • scrapie (svědivka - ovce) • Transmissible mink encephalopathy (TME, norek) • Chronic Wasting Disease (CWD) (vysoká) • Feline spongiform encephalopathy (kočky) • Exotic ungulate encephalopathy (EUE) (antilopy)

  30. mechanismus PrP (protease resistent protein) • PrPc (cellular) • PrPSc (scrapie) gen PRNP obsahuje Q/N (glutamin/asparagin) bohatou oblast amyloidní agregace

  31. struktura C-konce PrP

  32. mechanismus propagace

  33. testování BSE v ČR více než milion analýz, počet pozitivních výsledků: 24

  34. S E P A C kontakt Jan Pačes www: http://bio.img.cas.cz email: hpaces@img.cas.cz icq: #110872370 irc: efnet #hpaces tel: +420 220183446

More Related