1 / 25

Bioinformatika pro PfUK 2002

Bioinformatika pro PfUK 2002. Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz. Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz. http://bio.img.cas.cz/PfUK2002. syllabus. L1 Úvod do bioinformatiky 7. říjen 2001 L2 Biologické databáze (Jan Pačes) 11. říjen

lorie
Download Presentation

Bioinformatika pro PfUK 2002

An Image/Link below is provided (as is) to download presentation Download Policy: Content on the Website is provided to you AS IS for your information and personal use and may not be sold / licensed / shared on other websites without getting consent from its author. Content is provided to you AS IS for your information and personal use only. Download presentation by click this link. While downloading, if for some reason you are not able to download a presentation, the publisher may have deleted the file from their server. During download, if you can't get a presentation, the file might be deleted by the publisher.

E N D

Presentation Transcript

  1. Bioinformatikapro PfUK 2002 Jiří Vondrášek Ústav organické chemie a biochemie vondrasek@uochb.cas.cz Jan Pačes Ústav molekulární genetiky hpaces@img.cas.cz http://bio.img.cas.cz/PfUK2002

  2. syllabus L1 Úvod do bioinformatiky 7. říjen 2001 L2 Biologické databáze (Jan Pačes) 11. říjen L3 Alignment I (Jan Pačes) 21. říjen L4 Alignment II (Jan Pačes) 4. listopad L5 Predikce genů, fylogenetická analýza (Jan Pačes) 11. listopad L6 Vlastnosti proteinů (Jiří Vondrášek) L7 3D struktury, strukturní alignment (Jiří Vondrášek) L8 Sekundární motivy a jejich predikce (Jiří Vondrášek) L9 Protein folding (Jiří Vondrášek) L10 Molekulárni docking, drug design (Jiří Vondrášek) L11 Statistický aparát bioinformatiky

  3. bioinformatika Informatika nad biologickými molekulami (daty). Bioinformatika extrahuje molekulární informační systém pro molekulární biologii. Bioinformatika je konceptualizovaná molekulární biologie (ve smyslu fyzikálně chemickém) na níž je aplikována informatika (odvozená od matematické informatiky a statistiky). Aplikace: teorie biotechnologie farmacie medicína genetické inženýrství

  4. bioinformatika sekvence kontigy geny struktura funkce metabolismus (vše) strukturovaná data (databáze), hypotézy experimentální data počítačová analýza

  5. velikosti genomů Mycoplasma genitalium 0.58 Mbp Escherichia coli 4.6 Mbp Saccharomyces cerevisiae 16 chr. 11.2 Mbp Arabidopsis thaliana 5 chr. 115.4 Mbp Drosophila melanogaster 5 chr. ~137.0 Mbp Homo sapiens 24 chr. ~ 3.3 Gbp

  6. replikace transkripce translace DNA RNA protein reverzní transkripce informace funkce centrální dogma molekulární genetiky

  7. DNA evoluční vztahy mezi geny a organizmy funkce geny struktura proteiny

  8. sekvence

  9. sekvence >jana (4797 nt) GAATTCGCCGCGGGGCTGCGCATCACCGATGCCGCCACCATCGAGATCGTCGAGATGGTACTGGCCGGCTCGATCAACAAGCAGCTCGTCGGCTACATCA ACGAAGCGGGCGGCAAGGCCGTCGGCCTGTGCGGCAAGGACGGCAACATGGTGTCCGCCACCAAGGCGACGCGCACCATGGTCGATCCGGATTCGCGGAT CGAAGAGGTGATCGACCTCGGTTTCGTCGGCGAGCCGGAGAAGGTCGACCTCACCCTGCTCAACCAGCTGATCGGCCACGAGTTGATCCCGGTGCTGGCG CCGCTGGCGACCTCCGCGTCGGGCCAGACCTTCAACGTCAATGCCGACACCTTTGCAGGTGCGGTTGCCGGTGCGCTGCGGGCCAAGCGCCTGCTGCTGC TGACCGACGTGCCGGGCGTGCTCGACCAGAACAAGAAGCTGATCCCCGAACTGTCGATCAAGGATGCCCGCAAGCTGATCGCAGACGGCACCATCTCGGG CGGCATGATCCCCAAGGTCGAGACCTGCATCTACGCGCTCGAACAGGGCGTCGAAGGCGTCGTCATCCTCGACGGCAAGGTCCCGCACGCAGTGCTGCTC GAATTGTTCACCAACCAGGGCACCGGCACGCTGATCCACAAGTGATGCGAGGCTGCGGCGACAACATCCGTCATGGCCGGGCTCGTCCCGGCCATCCACG TCTTTCCGGCGGTTTTCTCAGCAAGACGTGGATGCCCGGCACAAGGCCGGGCATGACGGGGTGGAGATCGCGCGCCCTCGCCGCCATTGTCACCACCCTC GCCCTCACCTCCGCCGCCCACGCCGACCTCAAGCTCTGCAACCGCATGAGCTACGTGGTCGAGACGGCGATCGGGGTCGATTCCAACGGCACCACCGCCT CGCGCGGATGGCTGCGGATTGATCCGGCGCAATGCCGGGTCGTGGTGCAAGGCGCGCTCAACGCCGACCGCATCATGCTGAATGCCCGCGCGCTGGCGGT GTACGGCGTCTCGCCGCTGCCGCAGAACGGCACTGACCGGCTGTGCATTGCCGAAGACAATTTCGTCATCGCCGCCGCGCGGCAATGCCGCGGCGGCCAA ACGCTCGCCGCCTTCACCGAGATCAAGCCCACCGACACCGAGGACGGCAACAAGATCGCTTATCTGGCGGAAGACTCCGGCTACGACGACGAACAGGCCA AACTCGCCGCGATCCAGCGGCTGCTGGTGATCGCCGGTTACGACGCCTCGCCGATCGACGGCGTCGACGGCCCGAAGACGCAGGCCGCGCTGTCCGCCTT CCTCAAGAGCCGAGGCCTGAAGCCCGAGATCGTCGATGCGCCGGATTTCTTCGACGTGATGATCAAGGCAGTGCAGCAGCCGTCCGGCAGCGGGCTGACC TGGTGCAACGACACCAAGTACAAGATCATGGCGGCCGTCGGCGAAGACGACGGCAAGACTGTCACCAGCCGCGGCTGGTACGGTGTTGCGCCCGGCCAAT GCCTGCGCCCCGACCTCGGCGCACAGCCGAAGCGGGTGTTCAGCTTCGCCGAAGCGGTCGACGGCAGCGGCAGGCCGGTGACCATCAAGGGCCGTGCGCT GAACTGGGGCGGCGGCGTGACGCTGTGCACGCGTGACAGCAAGTTCGAGATCGGCGAGCAAGGCGATTGCGCGGCGCGCGGCCTCGCCGCCACCGGCTTC GCCGCCGTCGATCTCAGTAGCGGCAAGACATTGAGGTTGTCCGCCCCATGATGCAGCTCGGCAAACGCGGCTTCGATCACGTCGAGACCTGGGTGTTCGA TCTCGACAACACGCTGTACCCGCATCACCTCAACCTATGGCAGCAGGTCGATGCGCGGATCCGCGACTTCGTCGCCGACTGGCTGAAGGTTTCGCCGGAA GAAGCCTTCCGTATCCAGAAGGATTACTACAAGCGCTACGGCACCACGATGCGCGGGATGATGACCGAGCACGGCGTTCACGCCGACGACTACCTGGCTT ATGTCCACGCCATCGACCATTCGCCGCTGCAGCCGAATCCGGCGATGGGCGATGCGATCGAGCGACTGCCGGGCCGCAAGCTGATCCTGACCAACGGCTC GACCGCCCATGCGGGCAAGGTGCTGGAGCGGCTCGGCATCGGCCATCATTTCGAGGCGGTGTTCGACATCATTGCGGCCGACCTCGAGCCGAAGCCGGCG CCGCAGACCTACCGCCGTTTTCTCGATCGCCATGGTGTCGACCCGGCCCGCGCCGCGATGTTCGAAGACCTCGCCCGCAACCTCACCGTGCCGCACCAGC TCGGCATGACCACCGTGCTGGTGGTGCCTGACGATAGCCAGGACGTGGTCCGCGAAGATTGGGAGCTTGAAGGCCGCGACGCCGCCCACGTCGATCACGT GACTGATGATTTGACAGGGTTCTTGGGGAAGCTGAGTTCGCTGTAGGCCGGGGACGCCTCCCAAGCGTCAATCGTCATCGCCGCCGGATGCAAGGCGGCT AGGTATTGCGGAGCGCTCGCGATCTTCCGTCCAATGCCCTGGGATACTGGATCGCCCGGACGAGCCGGGCGACGACGTTGAAGAGAGATGACGTGGCGTC ACCACATCCCCCGCCGTCATCGCCCGCGCAGGCGGGCGATGACTTGGCGGACGGGGCGGCGCCTTGACTCCGACCCGGCGAATCCGGACAACACTCCGCA AAACTCTCCCTGAAATCAGCCTCCCAAGGACCCGTCGATGCCGCTCACCGCCCTGGAATCTACCATCAACGCCGCTTTCGACGCGCGCGACACCGTTACC GCGGCGACGCAGGGCGAGATTCGTCAGGCCGTCGAGGATGCGCTCGATCTGCTCGACCAGGGCAAGGTGCGGGTGGCGCGGCGCGACGACTCCGGCGCCT GGACGGTCAATCAGTGGCTGAAGAAAGCAGTGCTGCTGTCGTTCCGGCTCAACGACATGGGCGTGATCGCCGGCGGCCCGGGCGGCGCCAACTGGTGGGA CAAGGTGCCGTCGAAGTTCGAGGGCTGGGGTGAGAACCGCTTCCGCGAGGCCGGCTTCCGCGCCGTGCCGGGCCGATCGTCGCGCGTCGGCCTTTATCGC CAAGACGCGGTACTGATCCGTCCTTCGTCAATCTCGGCGCTTACGTCGATGAAAGCACCATGGTCGAACACCTGGGCGACCGTCGGCTCCTGCGCCCAGA TCGGCAAGCGCGTGCACATCTCCGGCGGTGCCGGCATCGGCGGCGTGCTCGAGCCGCTGCAGGCCGGCCCGGTGATCATCGAGGACGACTGCTTCATCGG CGCCCGCTCCGAAGTCGCCGAAGGCGTGATCGTGCGCAAGGGTGCGGTGCTGGCGATGGGCGTTTTCCTCGGCGCCTCGACCAAGATCGTCGACCGCGAG ACCGGCGAAATCTTCGTCGGCGAAGTGCCGGAATATGCCGTGCTGGTGCCCGGCACCCTGCCCGGCAAGCCGATGAAGAACGGCGCCCCCGGCCCAGCCA CCGCCTGCGCGGTGATCGTCAAGCGCGTCGACGAGCGCACCCGTTCCAAGACCTCGATCAACGAATTGCTGCGGGACTGACACCTGTAGGAGGCGCGAAT GGACTGGACCACGCTGTTCTTCAGCTTTCGAGGTCGGATCAATCGCGCCAAATACTGGCTGGTCGGACTGATCTACGTCGCCGCCTGGATGG ….

  10. všeobecná analýza Co lze v DNA najít? strukturní a organizační elementy evoluční vztahy geny promotory a další řídící elementy „cizí“ DNA

  11. všeobecná analýza Rhodobacter capsulatus, GC profil

  12. všeobecná analýza Homo sapiens, chromozóm 21, GC profil

  13. všeobecná analýza Evoluční strom pTR5 rodiny lidských endogenních retrovirů

  14. geny Jak najít geny?

  15. geny Leucin Rhodobacter capsulatus antikodón počet % CUA 3 <1 CUC 119 16 CUG 458 60 CUU 157 20 UUA 0 0 UUG 27 3 Escherichia coli % 4 9 52 10 11 13

  16. geny

  17. geny Homo sapiens, chromozóm 21, predikce genů Sanger Ch21 (in Nature) cDNA GENESCAN EXOFISH

  18. alignment Jaké proteiny geny kódují?

  19. alignment Dotplot 1:1 Dot plot SSEARCH BLITZ SSEARCH ftp://ftp.virginia.edu/pub/fasta BLITZ ... http://www.ebi.ac.uk 1:n FASTA BLAST n:n PSI-BLAST HMMER ClustalW MultAlign n

  20. alignment 1:1 Dot plot SSEARCH BLITZ 1:n FASTA BLAST FASTA http://www.ebi.ac.uk BLAST http://ncbi.nlm.nih.gov/blast n:n PSI-BLAST HMMER ClustalW MultAlign n

  21. alignment 1:1 Dot plot SSEARCH BLITZ 1:n FASTA BLAST n:n PSI-BLAST HMMER PSI-BLAST http://ncbi.nlm.nih.gov HMMER ClustalW MultAlign ClustalW MultAlign n

  22. funkce Jakou mají geny v buňce funkci?

  23. funkce ja1 ja4 ja6 ja1 ja2 ja3 ja4 ja5 ja5 ja6 ja5 ja1 ACETYLGLUTAMATE KINASE EC 2.7.2.8 ja2 ja3 ja4 TETRAHYDRODIPICOLINATE EC 2.3.1.117 N-SUCCINYLTRANSFERASE ja5 ja6 SUCCINYL-DIAMINOPIMELATE EC 3.5.1.18 DESUCCINYLASE

  24. funkce

  25. Bioinformatika Rhodopseudomonas palustris může syntetizovat aminokyselinu lysine biochemickou dráhou přes enzym EC 2.6.1.17.

More Related