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Ligamiento y mapas genéticos . Objetivos tema 5: Ligamiento y cartografía genética (mapas) . Deberán quedar bien claros los siguientes puntos Los conceptos de ligamiento, recombinación y entrecruzamiento Cómo calcular las frecuencias de recombinación en loci ligados
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Ligamiento y mapas genéticos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Objetivos tema 5: Ligamiento y cartografía genética (mapas) • Deberán quedar bien claros los siguientes puntos • Los conceptos de ligamiento, recombinación y entrecruzamiento • Cómo calcular las frecuencias de recombinación en loci ligados • Construcción de mapas genéticos a partir de cruzamientos pruebas de 2 y 3 factores (puntos) • Interferencia y coeficiente de coincidencia • Demostración citológica del entrecruzamiento • Análisis de tétradas en hongos ascomicetos • Recombinación mitótica • Cartografía genética en humanos • Ligamiento y recombinación en bacterias y virus Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Ligamiento:Asociación de genes en el mismo cromosoma formando grupos de ligamientos Ligamiento total B A B A A A B B b a b a a a b b Gametos (100% gametos parentales) 50 % AB 50 % ab Genotipo F1 AB / ab Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Segregación independiente (no ligamiento, 2a ley de Mendel) gametos A B Genotipos F1 A B -- -- a b AB A B b A Ab A 50% recom- binan- tes b A B A B B a aB a b a B a b a b ab a b Proporción 1:1:1:1 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mensaje: La frecuencia de gametos recombinantes (FR) debe estar entre el ligamiento total (0%) y la segregación independiente (50%) 0% FR 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Ligamiento: • Descubrimiento del ligamiento (Morgan con mutantes de Drosophila melanogater) Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mutantes de Drosophila melanogater Estudio del ligamiento con mutantes +: salvaje Cy: Curly sd: scalloped +: salvaje w: white ap: aptera vg: vestigial dp: dumpy Bar sepia D: Dichaete c: curved Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Ligamiento: • Simbolismo del ligamiento • Configuración en acoplamiento o cis -> AB/ab • Configuración en repulsión o trans -> Ab/aB • Prueba de ligamiento: desviación de la proporción 1:1:1:1 en un cruzamiento prueba de un dihíbrido Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Grupos de ligamiento en Drosophila Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Ligamiento a nivel del DNA Haplotipo Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
AA BB Aa Bb A B aa bb aa bb a b Aa Bb Aa bb aa Bb aa bb Cruzamiento prueba: Genotipos P Gametos P Cruza- miento prueba F1 X Gametos ab AB A- B- Ab A- bb aB aa B- aa bb ab Fenotipos Genotipos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mensaje: El cruzamiento prueba permite inferir las proporciones de los gametos que se forman en el doble heterocigoto Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Aa Bb A B a b Recombinación:la generación durante la meiosis de genotipos haploides distintos de los genotipos parentales Gametos P F1 AB Gametos parentales ab Gametos Ab Gametos recombinantes aB Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Recombinación: • Recombinación intercromosómica: genes (loci) en diferentes cromosomas (leyes de Mendel) • Recombinación intracromosómica: genes situados en el mismo cromosoma ---> Entrecruzamiento A B Genotipos F1 A B -- -- a b AB A B b A 50% recom- binan- tes Ab A b A B A B B a aB a b a B a b a b ab a b Proporción 1:1:1:1 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Entrecruzamiento (Crossover):El intercambio de cromátidas no hermanas entre cromosomas homólogos durante la meiosis por un proceso de rotura y reunión del DNA Cromosomas en la meiosis Productos meióticos Meiosis sin entrecruzamiento entre los genes A B A B A B A B a b a b a b a b Meiosis con entrecruzamiento entre los genes A B A B b A B A Recombi- nantes a b a B a b a b Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Meiosis y entrecruzamiento Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Entrecruzamiento visto mediante microscopía electrónica Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Entrecruzamiento visto mediante microscopía electrónica Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Entrecruzamiento en el nivel del DNA Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Migración ramal Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Cartografía genética: • La cartografía genética asigna el lugar cromosómico de un gen (o locus) y su relación de distancia con otros genes (o loci) en un cromosoma dado • A. Sturtevant (1913). La distribución y el orden lineal de los genes se pueden establecer experimentalmente mediante el análisis genético Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Supuesto: las frecuencias de entrecruzamiento, y por tanto la frecuencia de recombinación, depende de la distancia entre genes A B C Unidad de distancia: La unidad de mapa (u.m.) o el centimorgan (cM) --> La distancia entre genes (loci) en los que la frecuencia de recombinación es del 1% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
A C B C Meiosis 1 2 3 4 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mayor distancia entre loci --> Mayor número de entrecruzamientos • Más Entrecruzamientos ---> Más Recombinación A mayor frecuencia de recombinación mayor la distancia entre loci El número de etrecruzamientos por meiosis y por cromosoma se puede representar por una distribución aleatoria de Poisson, con media Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mapa a partir de cruzamientos prueba de dos puntos (dos loci en el mismo cromosomas) Se determina la distancia 2 a 2 entre loci y éstas se suman para estimar la distancia genética total de un cromosoma A B Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Ejemplo: • Experimento de Morgan • pr = Ojos Púrpura • vg = Alas vestigiales • Ambos alelos son recesivos respecto al salvaje • P pr+ pr+ vg+ vg+ X prpr vg vg • F1 pr+ pr vg+ vg X prpr vg vg • Fenotipos F 2 • pr+ vg+ 1339 • pr vg 1195 • pr+ vg 151 • pr vg+ 154 • ____ • 2839 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Metodología • Normalmente heterocigoto X homocigoto recesivo (cruzamiento prueba) -> AB/ab X ab/ab • No se observa en la F2 la proporción fenotípica 1:1:1:1, y la proporción no es predecible a priori porque depende de la distancia entre los genes estudiados • Las dos clases mayoritarias corresponden a los gametos no recombinantes (parentales), y las minoritarias a los recombinantes (no parentales) • La frecuencia de recombinación (recombinantes/total X 100) refleja la distancia genética entre los dos genes. Una unidad de mapa o centimorgan (1cM) = 1% de recombinantes • Se ordernan tres genes cuyas distancias se han medido dos a dos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Fenotipos F 2 • pr+ vg+ 1339 • pr vg 1195 • pr+ vg 151 • pr vg+ 154 • ____ • 2839 305 Proporción no 1:1:1:1. Un test de 2 es muy significativo FR = 305/2839 = 0,107 = 10,7 cM pr vg 10,7 cM Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Orden de los genes • Se han estudias tres pares de genes y estas son las distancias entre ellos: • distancia A-B = 12; • distancia B-C = 7; y • distancia A-C = 5 • ¿Cuál es el orden de los genes? Las distancias deben ser aditivas y consistentes entre sí • Supongamos las tres ordenaciones posibles Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Orden de los genes • Ordenaciones posibles • Caso 1: Marcador A está en el medio: • Caso 2: Marcador B está en el medio: • Caso 3: Marcador C está en el medio: B A A C 12 5 B C 7 A B B C 12 7 A C 5 A B 12 Aditividad A C 5 7 C B Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
B C A C A FR < x + y • Las distancias de mapa no son completamente • aditivas FR = x FR = y La mejor estima distancia, suma (b-pr) + (pr-c) 25,4 b pr c 5,9 19,5 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos 23,7 Distancia experimento dos puntos b-c
Relación entre frecuencia de recombinación y entrecruzamiento (o distancia real de mapa) • Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en un cruce de dos puntos, subestimándose la distancia A y C A B C A B C A b C a B c a b c a b c • La relación entre la distancia real de mapa (número de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinación entre dos marcadores o loci no es lineal. Cuanto más lejos están los marcadores peor es la estima • La frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50% • FR 0,5 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Zona de linealidad • Función de mapa • Es una función que permite estimar la distancia de mapa mejor que empleando solamente la frecuencia de recombinación, pues corrige los intercambios (entrecruzamientos) no detectados 50 FR observada (%) 40 30 20 10 =1 =2 =3 =4 Número medio de entrecruzamientos por meiosis 50 100 150 200 Unidades de mapa reales Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
¿Por qué la frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostración 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b Es igual de probable cualquier combinación, ++, ab, a+, +b, es como si segregaran independientemente ambos loci. Luego, la FR máxima es 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
¿Por qué la frecuencia de recombinación (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostración 2: caso completo para 1 ó 2 entrecruzamientos FR promedio de un doble entrecruzamiento = 8/16 = 50% Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mapa a partir de cruzamientos prueba de tres puntos (tres loci en el mismo cromosomas) • Metodología • Triple heterocigoto X homocigoto recesivo • (cruzamiento prueba) -> ABC/abc X abc/abc • Si hay ligamiento, no se observa en la F2 la • proporción fenotípica 1/8 para cada tipo de gameto • Se agrupan las clases recíprocas (aquellas • que tienen un fenotipo mutante en el par recíproco, como el par de fenotipos fenotipos ABC-abc ó Abc-aBC. Las clases recíprocas deben ser de frecuencia parecida • Orden de los genes: • Los fenotipos no recombinantes (parentales) son los más frecuentes • Los fenotipos menos frecuentes resultan de un doble entrecruzamiento • Al comparar los fenotipos no recombinantes con los doble entrecruzados, el gen del medio es el que está cambiado • Distancias de mapa: a la distancia entre genes consecutivos debe sumarse las frecuencias de los dobles entrecruzamientos A B C Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Ejemplo: • Tres mutantes marcadores • b = Cuerpo negro; pr = Ojos Púrpura; c = curved, alas curvadas • Los tres alelos son recesivos respecto al salvaje • P b+ b+ pr+ pr+ c+ c+ X bb prpr cc • F1 b+b pr+ pr c+ c X bb prpr vg vg • Si no están ligadosSi están ligados • 1/8 bb prpr cc 1/2 bb prpr cc • 1/8 bb prpr c+c 1/2 b+b pr+pr c+c • 1/8 bb pr+pr cc • 1/8 bb pr+pr c+c • 1/8 b+b prpr cc • 1/8 b+b prpr c+c • 1/8 b+b pr+pr cc • 1/8 b+b pr+pr c+c F2 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Resultados del cruzamiento prueba, F2 • Fenotipo Genotipo Número Número de • recombinantes entre • b-pr pr-c b-c • Salvaje b+b pr+pr c+c 5701 • Black, purp, cur bb prpr cc 5617 • Purp,curved b+b prpr cc 388 388 388 • Black bb pr+pr c+c 367 367 367 • Curved b+b pr+pr cc 1412 1412 1412 • Black,purp bb prpr c+c 1383 1383 1383 • Purp b+b prpr c+c 60 60 60 • Black,curved bb pr+pr cc 72 72 72 • Total 15 000 887 2927 3550 • Porcentaje 5,9% 19,5% 23,7% El gen pr está en el medio Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Tetrada meiótica Gametos Entrecruzamiento entre b y pr b pr c b pr c b pr c b pr+ c+ b+ pr+ c+ b+ pr c b+ pr+ c+ b+ pr+ c+ Doble entrecruzamiento en la región b-pr-c b pr c b pr c b pr c b pr+ c b+ pr+ c+ b+ pr c+ b+ pr+ c+ b+ pr+ c+ Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mapa genético de los marcadores La mejor estima distancia entre los extremos es la suma (b-pr) + (pr-c) 25,4 b pr c 5,9 19,5 23,7 Distancia b-csin considerar los dobles recombinantes Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Coeficiente de coincidencia: mide si los entrecruzamientos son independientes entre sí • Si los múltiples entrecruzamientos suceden independiemente los unos de los otros, la frecuencia de los dobles entrecruzamientos será al producto de la frecuencia de los intercambios sencillos • Coeficiente coincidencia (CC) = (número de dobles entrecruzamientos observados)/(número de dobles entrecruzamientos esperados) • Si CC < 1, dobles disminuidos • Si CC > 1, dobles incrementados • Interferencia: 1 - CC Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mapa de ligamiento parcial de los 4 cromosomas de Drosophila melanogaster Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mapas genéticos (de recombinación) versus mapas físicos Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Importancia mapas de recombinación • Describir Ias tasas de recombinación a lo largo del genoma • Predecir la transmisión genética de un gameto • Localización de genes que influyen el fenotipo (QTLs) • Marco de referencia para cartografía física • Marco de referencia para la cartografía de genes asociados a enfermedades Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Mapas genéticos versus mapas físicos Frecuencia de recombinación por unidad de DNA Especies Tamaño haploide Unidades de mapa Tamaño de la unidad mapa Distancia media del genoma entrecruzamien- tos consecutivos Fago T4 1.6 x 105 pb800 200 pb 1.0 x 104 pb E. coli 4.2 x 106 pb1750 2400 pb 1.2 x 105 pb Levadura 2.0 x 107 pb4200 5000 pb 2.5 x 105 pb Hongo 2.7 x 107 pb1000 27000 pb 1.3 x 106 pb Nemátodo 8.0 x 107 pb320 250000 pb 1.2 x 107 pb Mosca de la fruta 1.4 x 108 pb280 500000 pb 2.5 x 107 pb Ratón 3.0 x 109 pb 1700 1800000 pb 9.0 x 107 pb Humanos Varón 3.3 x 109 pb 2809 1200000 pb 6.0 x 107 pb Mujer 3.3 x 109 pb 4782 700000 pb 3.5 x 107 pb Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Análisis de tétradas Los hongos ascomicetos retienen los cuatro productos haploides de cada meiosis en un saco denominado asca Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Hongos ascomicetos • Estos organismos son únicos porque se puede analizar meiosis individuales, permitiendo estudiar aspectos básicos de la genética de la meiosis (un proceso central de la biología de los eucariotas) • Cartografiar los centrómeros como si fuesen loci • Investigar la posibilidad de interferencia de cromátida • Examinar los mecanismos de entrecruzamiento Ustigalo hordei (basidiomiceto) Aspergillus nidulans Neurospora crassa Coprinus Lagopus (basidiomiceto) Ascobolus immersus Saccharomyces cerevisiae Tétradas Tétradas Octadas Octadas Patrones distintos de ascosporas y ascas en Neurospora No ordenadas Lineales Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Meiosis y mitosis postmeiótica en la tétrada lineal de Neurospora Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Distancia de un locus al centrómero en Neurospora No recombinación entre el locus y el centrómero 4:4 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos
Recombinación entre el locus y el centrómero 2:2:2:2 Tema 5: Ligamiento y mapas genéticos